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Genetic Comparison of ESBL-Producing Escherichia coli from Workers and Pigs at Vietnamese Pig Farms
Antibiotics ( IF 4.3 ) Pub Date : 2021-09-25 , DOI: 10.3390/antibiotics10101165 Duong Thi Quy Truong 1 , Yaovi Mahuton Gildas Hounmanou 2 , Son Thi Thanh Dang 1 , John Elmerdahl Olsen 2 , Giang Thi Huong Truong 1 , Nhat Thi Tran 1 , Flemming Scheutz 3 , Anders Dalsgaard 2
Antibiotics ( IF 4.3 ) Pub Date : 2021-09-25 , DOI: 10.3390/antibiotics10101165 Duong Thi Quy Truong 1 , Yaovi Mahuton Gildas Hounmanou 2 , Son Thi Thanh Dang 1 , John Elmerdahl Olsen 2 , Giang Thi Huong Truong 1 , Nhat Thi Tran 1 , Flemming Scheutz 3 , Anders Dalsgaard 2
Affiliation
We analyzed and compared genomes of Extended Spectrum Beta-Lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli from pigs and pig farm workers at 116 farms in Vietnam. Analyses revealed the presence of blaCTX-M-55, blaCTX-M-27, blaCTX-M-15, blaCTX-M-14, blaCTX-M-3, blaCTX-M-65, blaCTX-M-24, blaDHA-1, and blaCMY2in both hosts. Most strains from pigs contained quinolones (qnr) and colistin resistance genes (mcr-1 and mcr-3). Isolates predominantly harbored more than one plasmid replicon and some harbored plasmid replicons on the same contigs as the ESBL genes. Five strains from farm workers of ST38 (2), ST69 (1), and ST1722 (2) were classified as either uropathogenic E. coli (UPECHM)/extraintestinal pathogenic E. coli (ExPECJJ) or UPECHM, and the remaining were genetically distinct commensals. A high heterogeneity was found among the ESBL-producing E. coli from pigs and workers, with most isolates belonging to unrelated phylogroups, serogroups, and sequence types with >4046 Single-Nucleotide Polymorphisms-(SNPs). In comparing the genomes of pig isolates to those from humans, it appeared that ESBL-producing E. coli in workers did not predominantly originate from pigs but were rather host-specific. Nevertheless, the occurrence of ESBL-producing E. coli carrying plasmid-mediated colistin and quinolone resistance genes in pigs could represent a potential source for horizontal transmission to humans through food rather than direct contact.
中文翻译：
越南养猪场工人和猪产 ESBL 大肠杆菌的遗传比较
我们分析并比较了越南 116 个农场的猪和养猪场工人产生超广谱 β-内酰胺酶 (ESBL) 的大肠杆菌的基因组。分析显示存在bla CTX-M-55 、 bla CTX-M-27、 bla CTX-M-15、 bla CTX-M-14、 bla CTX-M-3、 bla CTX-M-65、 bla CTX-两个宿主中的M-24 、 bla DHA-1和bla CMY2 。大多数猪菌株含有喹诺酮类药物 ( qnr ) 和粘菌素抗性基因（ mcr -1 和mcr -3）。分离株主要含有一个以上的质粒复制子，并且一些分离株含有与 ESBL 基因相同的重叠群上的质粒复制子。来自农场工人的 ST38 (2)、ST69 (1) 和 ST1722 (2) 的五种菌株被分类为尿路致病性大肠杆菌(UPEC HM )/肠外致病性大肠杆菌(ExPEC JJ ) 或 UPEC HM，其余的是遗传上不同的共生体。在来自猪和工人的产 ESBL大肠杆菌中发现了高度异质性，大多数分离株属于不相关的系统群、血清群和具有 >4046 个单核苷酸多态性 (SNP) 的序列类型。通过比较猪分离株与人类基因组，发现工蚁体内产生 ESBL 的大肠杆菌并非主要源自猪，而是具有宿主特异性。 然而，猪体内携带质粒介导的粘菌素和喹诺酮抗性基因的产 ESBL 大肠杆菌的出现，可能是通过食物而不是直接接触向人类水平传播的潜在来源。
更新日期：2021-09-27
中文翻译：
越南养猪场工人和猪产 ESBL 大肠杆菌的遗传比较
我们分析并比较了越南 116 个农场的猪和养猪场工人产生超广谱 β-内酰胺酶 (ESBL) 的大肠杆菌的基因组。分析显示存在bla CTX-M-55 、 bla CTX-M-27、 bla CTX-M-15、 bla CTX-M-14、 bla CTX-M-3、 bla CTX-M-65、 bla CTX-两个宿主中的M-24 、 bla DHA-1和bla CMY2 。大多数猪菌株含有喹诺酮类药物 ( qnr ) 和粘菌素抗性基因（ mcr -1 和mcr -3）。分离株主要含有一个以上的质粒复制子，并且一些分离株含有与 ESBL 基因相同的重叠群上的质粒复制子。来自农场工人的 ST38 (2)、ST69 (1) 和 ST1722 (2) 的五种菌株被分类为尿路致病性大肠杆菌(UPEC HM )/肠外致病性大肠杆菌(ExPEC JJ ) 或 UPEC HM，其余的是遗传上不同的共生体。在来自猪和工人的产 ESBL大肠杆菌中发现了高度异质性，大多数分离株属于不相关的系统群、血清群和具有 >4046 个单核苷酸多态性 (SNP) 的序列类型。通过比较猪分离株与人类基因组，发现工蚁体内产生 ESBL 的大肠杆菌并非主要源自猪，而是具有宿主特异性。 然而，猪体内携带质粒介导的粘菌素和喹诺酮抗性基因的产 ESBL 大肠杆菌的出现，可能是通过食物而不是直接接触向人类水平传播的潜在来源。
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