Influenza B viruses (IBVs) are causing an increasing burden of morbidity and mortality, yet the prevalence of culture-adapted mutations in human seasonal IBVs are unclear. We collected 368 clinical samples from patients with influenza-like illness in Missouri during the 2019–2020 influenza season and recovered 146 influenza isolates including 38 IBV isolates. Of MDCK-CCL34, MDCK-Siat1, and humanized MDCK (hCK), hCK showed the highest virus recovery efficiency. All Missourian IBVs belonged to the Victoria V1A.3 lineage, all of which contained a three-amino acid deletion on the HA protein and were antigenically distant from the Victoria lineage IBV vaccine strain used during that season. By comparing genomic sequences of these IBVs in 31 paired samples, eight cell-adapted nonsynonymous mutations were identified, with the majority in the RNA polymerase. Analyses of IBV clinical sample–isolate pairs from public databases further showed that cell- and egg-adapted mutations occurred more widely in viral proteins, including the receptor and antibody binding sites on HA. Our study suggests that hCK is an effective platform for IBV isolation and that culture-adapted mutations may occur during IBV isolation. As culture-adapted mutations may affect subsequent virus studies and vaccine development, the knowledge from this study may help optimize strategies for influenza surveillance, vaccine strain selection, and vaccine development.

中文翻译：

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2019-2020 年密苏里州 B 型流感病毒的细胞适应性突变和抗原多样性

乙型流感病毒 (IBV) 导致发病率和死亡率增加，但人类季节性 IBV 中培养适应突变的流行率尚不清楚。我们在 2019-2020 年流感季节收集了来自密苏里州流感样疾病患者的 368 份临床样本，并回收了 146 株流感分离株，其中包括 38 株 IBV 分离株。在 MDCK-CCL34、MDCK-Siat1 和人源化 MDCK (hCK) 中，hCK 显示出最高的病毒回收效率。所有密苏里州 IBV 都属于 Victoria V1A.3 谱系，所有这些病毒的 HA 蛋白上都含有三个氨基酸缺失，并且与该季节使用的 Victoria 谱系 IBV 疫苗株在抗原性上相距甚远。通过比较 31 对样本中这些 IBV 的基因组序列，确定了 8 个细胞适应的非同义突变，大部分在 RNA 聚合酶中。对来自公共数据库的 IBV 临床样本-分离株对的分析进一步表明，细胞和卵细胞适应突变更广泛地发生在病毒蛋白中，包括 HA 上的受体和抗体结合位点。我们的研究表明，hCK 是 IBV 分离的有效平台，并且在 IBV 分离过程中可能发生培养适应突变。由于适应培养的突变可能会影响后续的病毒研究和疫苗开发，因此本研究中的知识可能有助于优化流感监测、疫苗株选择和疫苗开发的策略。我们的研究表明，hCK 是 IBV 分离的有效平台，并且在 IBV 分离过程中可能发生培养适应突变。由于适应培养的突变可能会影响后续的病毒研究和疫苗开发，因此本研究中的知识可能有助于优化流感监测、疫苗株选择和疫苗开发的策略。我们的研究表明，hCK 是 IBV 分离的有效平台，并且在 IBV 分离过程中可能发生培养适应突变。由于适应培养的突变可能会影响后续的病毒研究和疫苗开发，因此本研究中的知识可能有助于优化流感监测、疫苗株选择和疫苗开发的策略。