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The Evaluation and Manipulation of Different Kits for Isolation of High-quality RNA from Frozen Blood
Iranian Journal of Science and Technology, Transactions A: Science ( IF 1.4 ) Pub Date : 2021-06-27 , DOI: 10.1007/s40995-021-01171-8
S. Dalkılıç , L. K. Dalkılıç , K. K. Saleh , S. Mülayim , B. R. Hamarashid , S. Kirbag , M. Kaplan

Due to degradation and limited quantities, one of the restrictions of molecular study is the inability to obtain total RNA extraction from frozen blood, while high-quality RNA is required for complementary DNA (cDNA) synthesis and gene expression analysis. To achieve optimal RNA extraction from frozen blood, the performance of three commercial RNA isolation kits, NucleoSpin RNA Blood kit, GENEzol reagent kit, and GeneJET Blood RNA kit, was examined. In addition, the effects of specific manipulation on the two of them (NucleoSpin RNA Blood kit, and GENEzol reagent kit) were evaluated. Agarose gel electrophoresis, Qubit fluorometer, and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) were used. The mean yields of total RNA and cycle threshold (Ct) values of gene expression were investigated before manipulation and after manipulation. Three housekeeping genes, DECR1, GAPDH, ACTB, and one target gene P53, were involved. In the results, before manipulation, Ct values of gene expression and yields of RNA showed that the GeneJET, GENEzol, and NucleoSpin were the first, second, and third effective kits for RNA extraction from frozen blood, respectively. On the other hand, after manipulation, RNA yields and Ct values showed significant differences in terms of quantity and quality. Finally, as a result of the manipulation, NucleoSpin was shown to be the best and most powerful kit for isolating RNA from frozen blood. Based on these findings, the ability to obtain high-quality total RNA extraction from frozen blood was one of the major advantages of our modifications.



中文翻译:

从冷冻血液中分离高质量 RNA 的不同试剂盒的评价和操作

由于降解和数量有限,分子研究的限制之一是无法从冷冻血液中提取总 RNA,而互补 DNA (cDNA) 合成和基因表达分析需要高质量的 RNA。为了从冷冻血液中实现最佳 RNA 提取,我们检查了三种商业 RNA 分离试剂盒(NucleoSpin RNA Blood 试剂盒、GENEzol 试剂试剂盒和 GeneJET Blood RNA 试剂盒)的性能。此外,还评估了特定操作对两者(NucleoSpin RNA Blood 试剂盒和GENEzol 试剂盒)的影响。使用琼脂糖凝胶电泳、Qubit 荧光计和定量实时 PCR (qRT-PCR)。在操作前和操作后研究了总 RNA 的平均产量和基因表达的循环阈值 (Ct) 值。三个看家基因,涉及 DECR1、GAPDH、ACTB 和一个靶基因 P53。结果显示,操作前基因表达的Ct值和RNA产量显示,GeneJET、GENEzol和NucleoSpin分别是从冷冻血液中提取RNA的第一、第二和第三有效试剂盒。另一方面,操作后,RNA产量和Ct值在数量和质量方面表现出显着差异。最后,作为操作的结果,NucleoSpin 被证明是从冷冻血液中分离 RNA 的最佳和最强大的试剂盒。基于这些发现,从冷冻血液中提取高质量总 RNA 的能力是我们修改的主要优势之一。基因表达和 RNA 产量的 Ct 值表明,GeneJET、GENEzol 和 NucleoSpin 分别是从冷冻血液中提取 RNA 的第一、第二和第三有效试剂盒。另一方面,操作后,RNA产量和Ct值在数量和质量方面表现出显着差异。最后,作为操作的结果,NucleoSpin 被证明是从冷冻血液中分离 RNA 的最佳和最强大的试剂盒。基于这些发现,从冷冻血液中提取高质量总 RNA 的能力是我们修改的主要优势之一。基因表达和 RNA 产量的 Ct 值表明,GeneJET、GENEzol 和 NucleoSpin 分别是从冷冻血液中提取 RNA 的第一、第二和第三有效试剂盒。另一方面,操作后,RNA产量和Ct值在数量和质量方面表现出显着差异。最后,作为操作的结果,NucleoSpin 被证明是从冷冻血液中分离 RNA 的最佳和最强大的试剂盒。基于这些发现,从冷冻血液中提取高质量总 RNA 的能力是我们修改的主要优势之一。RNA 产量和 Ct 值在数量和质量方面显示出显着差异。最后,作为操作的结果,NucleoSpin 被证明是从冷冻血液中分离 RNA 的最佳和最强大的试剂盒。基于这些发现,从冷冻血液中提取高质量总 RNA 的能力是我们修改的主要优势之一。RNA 产量和 Ct 值在数量和质量方面显示出显着差异。最后,作为操作的结果,NucleoSpin 被证明是从冷冻血液中分离 RNA 的最佳和最强大的试剂盒。基于这些发现,从冷冻血液中提取高质量总 RNA 的能力是我们修改的主要优势之一。

更新日期:2021-06-28
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