A yellow inbred line (SP3B) and a red doubled haploid line (H6) were used to produce a F 2 mapping population of onion ( Allium cepa L.). Initially, insertion/deletion and cleaved amplified polymorphic sequence markers were developed based on polymorphisms in the reference transcriptome. To improve efficiency of marker development, RNA-seq was carried out to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) between parental lines. High-quality SNPs were selected via customized screening process, and 344 high resolution melting (HRM) markers were developed. In addition, 161 HRM markers were developed based on the SNPs detected using genotyping-by-sequencing. A linkage map consisting of 652 molecular markers distributed in eight linkage groups was constructed. The total length of the linkage map was 749.8 cM, and the average interval between markers was 1.91 cM, the highest resolution among onion linkage maps reported so far. All eight linkage groups were assigned to onion chromosomes by identifying the common homologous loci in other linkage maps. Four major loci ( C , I , R , and L ) determining onion bulb colors were located on separate chromosomes. Analysis of ‘Santero’, a F 1 cultivar resistant to downy mildew, revealed that the length of the chromosome fragment introgressed from Allium roylei , harboring the resistance gene estimated at 27.6 cM at the end of chromosome 3. The high-resolution linkage map constructed in this study and chromosomal locations of major qualitative loci will be used to design an effective selection strategy for onion breeding programs.

中文翻译：

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决定洋葱（Allium cepa L.）主要质量性状的基因座的高分辨率连锁图和染色体定位的构建

使用黄色自交系 (SP3B) 和红色双单倍体系 (H6) 产生洋葱 ( Allium cepa L. ) 的 F 2 作图种群。最初，插入/删除和切割的扩增多态性序列标记是基于参考转录组中的多态性开发的。为了提高标记开发的效率，进行了 RNA-seq 以识别亲本之间的单核苷酸多态性 (SNP)。通过定制的筛选过程选择了高质量的 SNP，并开发了 344 个高分辨率熔解 (HRM) 标记。此外，基于使用基因分型测序检测到的 SNP 开发了 161 个 HRM 标记。构建了由分布在8个连锁群中的652个分子标记组成的连锁图谱。连锁图的总长度为 749.8 cM，标记之间的平均间隔为 1.91 cM，是迄今为止报道的洋葱连锁图谱中分辨率最高的。通过识别其他连锁图中的常见同源基因座，将所有八个连锁群分配给洋葱染色体。决定洋葱球茎颜色的四个主要位点（C、I、R 和 L）位于不同的染色体上。对霜霉病抗性 F 1 品种'Santero' 的分析表明，从葱属植物渗入的染色体片段长度在 3 号染色体末端含有估计为 27.6 cM 的抗性基因。 构建的高分辨率连锁图在这项研究中，主要定性基因座的染色体位置将用于设计洋葱育种计划的有效选择策略。通过鉴定其他连锁图中的常见同源基因座，将所有八个连锁群分配给洋葱染色体。决定洋葱球茎颜色的四个主要位点（C、I、R 和 L）位于不同的染色体上。对霜霉病抗性 F 1 品种 'Santero' 的分析表明，从葱属植物渗入的染色体片段长度在 3 号染色体末端含有估计为 27.6 cM 的抗性基因。构建的高分辨率连锁图在这项研究中，主要定性基因座的染色体位置将用于设计洋葱育种计划的有效选择策略。通过识别其他连锁图中的常见同源基因座，将所有八个连锁群分配给洋葱染色体。决定洋葱球茎颜色的四个主要位点（C、I、R 和 L）位于不同的染色体上。对霜霉病抗性 F 1 品种 'Santero' 的分析表明，从葱属植物渗入的染色体片段长度在 3 号染色体末端含有估计为 27.6 cM 的抗性基因。构建的高分辨率连锁图在这项研究中，主要定性基因座的染色体位置将用于设计洋葱育种计划的有效选择策略。和 L ) 确定洋葱球茎颜色位于不同的染色体上。对霜霉病抗性 F 1 品种 'Santero' 的分析表明，从葱属植物渗入的染色体片段长度在 3 号染色体末端含有估计为 27.6 cM 的抗性基因。构建的高分辨率连锁图在这项研究中，主要定性基因座的染色体位置将用于设计洋葱育种计划的有效选择策略。和 L ) 确定洋葱球茎颜色位于不同的染色体上。对霜霉病抗性 F 1 品种'Santero' 的分析表明，从葱属植物渗入的染色体片段长度在 3 号染色体末端含有估计为 27.6 cM 的抗性基因。 构建的高分辨率连锁图在这项研究中，主要定性基因座的染色体位置将用于设计洋葱育种计划的有效选择策略。