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Evaluating the Bacterial Diversity from the Southwest Coast of India Using Fatty Acid Methyl Ester Profiles
Current Microbiology ( IF 2.3 ) Pub Date : 2021-01-04 , DOI: 10.1007/s00284-020-02315-6
Maria Juviann Isaacs , Dineshram Ramadoss , Ashutosh Shankar Parab , Cathrine Sumathi Manohar

The fatty acid composition of bacterial isolates remains stable under standardized culture conditions, which makes it a useful taxonomic marker. The present study aims to characterize the diversity and quantity of fatty acid methyl esters (FAME) profiles of cultivable bacterial isolates collected along the southwest coast of India. Based on the similarity indices (range > 0.3–0.7) of the FAME profiles, the isolates were aggregated into 10 families, 11 genera and 19 species of cultured isolates. The following classes of bacteria were found: Bacilli, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria and Actinobacteria, which also included a few pathogens such as Pseudomonas , Staphylococcus and Bacillus sp. The hydroxyl FAMEs 2-hydroxydodecanoic acid (C 12:0 2OH), 2-hydroxypentadecanoic acid (C 15:0 2OH),3-hydroxy 14-methylpentadecanoic acid (C 16:0 iso 3OH), 3 hydroxy hexadecenoic acid (C 16:0 3OH) and 3-hydroxy 15-methylhexadecanoic acid (C 17:0 iso 3OH), as well as the unsaturated FAMEs (11Z)-11-hexadecenoic acid (C 16:1 ɷ5c), were exclusively associated with the isolates from Mangalore samples. Similarly, FAMEs 2-hydroxydecanoic acid (C 10:0 2OH), 9-methyldecanoic acid (C 11:0 iso), undecanoic acid (C 11:0 ), tridecanoic acid (C 13:0 ), 10-methylhexadecanoic acid (C 16:0 10-CH 3 ) and (7Z)-7-hexadecenoic acid (C 16:1 ɷ9c) occurred only in the isolates from Trivandrum samples. However, the isolates from Goa did not possess a signature FAME profile. The reproducibility of the GC-MIDI bacterial identification system was evaluated using 16S rRNA gene sequencing techniques for selected isolates.

中文翻译:

使用脂肪酸甲酯谱评估印度西南海岸的细菌多样性

细菌分离物的脂肪酸组成在标准化培养条件下保持稳定,这使其成为有用的分类标记。本研究旨在表征沿印度西南海岸收集的可培养细菌分离株的脂肪酸甲酯 (FAME) 谱的多样性和数量。根据 FAME 谱的相似性指数(范围 > 0.3-0.7),将分离株聚合为 10 科、11 属和 19 种培养分离株。发现了以下种类的细菌:芽孢杆菌、α变形菌、β变形菌、γ-变形菌和放线菌,其中还包括一些病原体,如假单胞菌、葡萄球菌和芽孢杆菌。羟基 FAMEs 2-羟基十二烷酸 (C 12:0 2OH)、2-羟基十五烷酸 (C 15:0 2OH)、3-羟基 14-甲基十五烷酸 (C 16:0 iso 3OH)、3-羟基十六烯酸 (C 16:0 3OH) 和 3-羟基 15-甲基十六烷酸 (C 17:0 iso 3OH),以及不饱和 FAME (11Z)-11-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ5c) 仅与来自芒格洛尔样品的分离物相关。类似地,FAMEs 2-羟基癸酸(C 10:0 2OH)、9-甲基癸酸(C 11:0 iso)、十一酸(C 11:0)、十三酸(C 13:0)、10-甲基十六酸( C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株评估 GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性。3 羟基十六碳烯酸 (C 16:0 3OH) 和 3-羟基 15-甲基十六碳烯酸 (C 17:0 iso 3OH),以及不饱和 FAME (11Z)-11-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ5c),仅与来自芒格洛尔样本的分离株相关。类似地,FAMEs 2-羟基癸酸(C 10:0 2OH)、9-甲基癸酸(C 11:0 iso)、十一酸(C 11:0)、十三酸(C 13:0)、10-甲基十六酸( C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株进行评估。3 羟基十六碳烯酸 (C 16:0 3OH) 和 3-羟基 15-甲基十六碳烯酸 (C 17:0 iso 3OH),以及不饱和 FAMEs (11Z)-11-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ5c),与来自芒格洛尔样本的分离株完全相关。类似地,FAMEs 2-羟基癸酸(C 10:0 2OH)、9-甲基癸酸(C 11:0 iso)、十一酸(C 11:0)、十三酸(C 13:0)、10-甲基十六酸( C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株进行评估。以及不饱和 FAME (11Z)-11-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ5c),仅与来自芒格洛尔样品的分离物相关。类似地,FAMEs 2-羟基癸酸(C 10:0 2OH)、9-甲基癸酸(C 11:0 iso)、十一酸(C 11:0)、十三酸(C 13:0)、10-甲基十六酸( C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株评估 GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性。以及不饱和 FAME (11Z)-11-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ5c),仅与来自 Mangalore 样品的分离物相关。类似地,FAMEs 2-羟基癸酸(C 10:0 2OH)、9-甲基癸酸(C 11:0 iso)、十一酸(C 11:0)、十三酸(C 13:0)、10-甲基十六酸( C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六碳烯酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株进行评估。十一烷酸 (C 11:0 )、十三烷酸 (C 13:0 )、10-甲基十六烷酸 (C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六烷酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自 Trivandrum 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株进行评估。十一烷酸 (C 11:0 )、十三烷酸 (C 13:0 )、10-甲基十六烷酸 (C 16:0 10-CH 3 ) 和 (7Z)-7-十六烷酸 (C 16:1 ɷ9c) 仅出现在来自特里凡得 (Trivandrum) 样品的分离株中。然而,来自果阿的分离株不具有标志性的 FAME 特征。GC-MIDI 细菌鉴定系统的重现性使用 16S rRNA 基因测序技术对选定的分离株进行评估。
更新日期:2021-01-04
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