Modeling a protein functional network in concerned species is an efficient approach for identifying novel genes in certain biological pathways. Tea plant ( Camellia sinensis ) is an important commercial crop abundant in numerous characteristic secondary metabolites (e.g., polyphenols, alkaloids, alkaloids) that confer tea quality and health benefits. Decoding novel genes responsible for tea characteristic components is an important basis for applied genetic improvement and metabolic engineering. Herein, a high-quality p rotein functi o nal n etwork for tea plant (TeaPoN) was predicted using cross-species protein functional associations transferring and integration combined with a stringent biological network criterion control. TeaPoN contained 31,273 non-redundant functional interactions among 6,634 tea proteins (or genes), with general network topological properties such as scale-free and small-world. We revealed the modular organization of genes related to the major three tea characteristic components (theanine, caffeine, catechin) in TeaPoN, which served as strong evidence for the utility of TeaPoN in novel gene mining. Importantly, several case studies regarding gene identification for tea characteristic components were presented. To aid in the use of TeaPoN, a concise web interface for data deposit and novel gene screening was developed ( http://teapon.wchoda.com ). We believe that TeaPoN will serve as a useful platform for functional genomics studies associated with characteristic secondary metabolites in tea plant.

中文翻译：

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预测的蛋白质功能网络有助于茶树（Camellia sinensis）中特征次生代谢物的新基因挖掘

对相关物种的蛋白质功能网络进行建模是在某些生物途径中识别新基因的有效方法。茶树 (Camellia sinensis) 是一种重要的经济作物，富含多种特征次生代谢物（如多酚、生物碱、生物碱），可赋予茶品质和健康益处。解码负责茶叶特征成分的新基因是应用遗传改良和代谢工程的重要基础。在此，使用跨物种蛋白质功能关联转移和整合结合严格的生物网络标准控制来预测茶树的高质量蛋白质功能网络（TeaPoN）。TeaPoN 包含 6,634 个茶蛋白（或基因）之间的 31,273 个非冗余功能相互作用，具有一般网络拓扑特性，例如无标度和小世界。我们揭示了与 TeaPoN 中主要的三种茶特征成分（茶氨酸、咖啡因、儿茶素）相关的基因的模块化组织，这为 TeaPoN 在新基因挖掘中的效用提供了强有力的证据。重要的是，提出了几个关于茶叶特征成分基因鉴定的案例研究。为了帮助使用 TeaPoN，开发了一个用于数据存储和新基因筛选的简洁网络界面 (http://teapon.wchoda.com)。我们相信，TeaPoN 将成为与茶树中特征次生代谢产物相关的功能基因组学研究的有用平台。我们揭示了与 TeaPoN 中主要的三种茶特征成分（茶氨酸、咖啡因、儿茶素）相关的基因的模块化组织，这为 TeaPoN 在新基因挖掘中的效用提供了强有力的证据。重要的是，提出了几个关于茶叶特征成分基因鉴定的案例研究。为了帮助使用 TeaPoN，开发了一个用于数据存储和新基因筛选的简洁网络界面 (http://teapon.wchoda.com)。我们相信，TeaPoN 将成为与茶树中特征次生代谢产物相关的功能基因组学研究的有用平台。我们揭示了与 TeaPoN 中主要的三种茶特征成分（茶氨酸、咖啡因、儿茶素）相关的基因的模块化组织，这为 TeaPoN 在新基因挖掘中的效用提供了强有力的证据。重要的是，提出了几个关于茶叶特征成分基因鉴定的案例研究。为了帮助使用 TeaPoN，开发了一个用于数据存储和新基因筛选的简洁网络界面 (http://teapon.wchoda.com)。我们相信，TeaPoN 将成为与茶树中特征次生代谢产物相关的功能基因组学研究的有用平台。介绍了几个关于茶叶特征成分基因鉴定的案例研究。为了帮助使用 TeaPoN，开发了一个用于数据存储和新基因筛选的简洁网络界面 (http://teapon.wchoda.com)。我们相信，TeaPoN 将成为与茶树中特征次生代谢产物相关的功能基因组学研究的有用平台。介绍了几个关于茶叶特征成分基因鉴定的案例研究。为了帮助使用 TeaPoN，开发了一个用于数据存储和新基因筛选的简洁网络界面 (http://teapon.wchoda.com)。我们相信，TeaPoN 将成为与茶树中特征次生代谢产物相关的功能基因组学研究的有用平台。