Availability of genome sequence of different legume species has provided an opportunity to characterize the abundance, distribution, and divergence of canonical intact long terminal retrotransposons (In-LTR-RT) superfamilies. Among seven legume species, Arachis ipaensis (Aip) showed the highest number of full-length canonical In-LTR-RTs (3325), followed by Glycine max (Gma, 2328), Vigna angularis (Van, 1625), Arachis durensis (Adu, 1348), Lotus japonicus (Lja, 1294), Medicago truncatula (Mtr, 788), and Circer arietinum (Car, 124). Divergence time analysis demonstrated that the amplification timeframe of LTR-RTs dramatically varied in different families. The average insertion time of Copia element varied from 0.51 (Van) to 1.37 million years ago (Mya) (Adu, and Aip), whereas that of Gypsy was between 0.22 (Mtr) and 1.82 Mya (Adu). Bayesian phylogenetic tree analysis suggested that the 1397 and 1917 reverse transcriptase (RT) domains of Copia and Gypsy families of the seven legume species were clustered into 7 and 14 major groups, respectively. The highest proportion (approximately 94.79-100%) of transposable element (TE)-associated genes assigned to pathways was mapped to metabolism-related pathways in all species. The results enabled the structural understanding of full-length In-LTR-RTs and will be valuable resource for the further study of the impact of TEs on gene structure and expression in legume species.

中文翻译：

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七种豆科植物年轻、完整的长末端重复反转录转座子 (In-LTR-RTs) 的全基因组注释和表征

不同豆科植物基因组序列的可用性为表征规范完整长末端逆转录转座子 (In-LTR-RT) 超家族的丰度、分布和差异提供了机会。在七种豆科植物中，落花生 (Aip) 的全长规范 In-LTR-RT 数量最多 (3325)，其次是最大甘氨酸 (Gma, 2328)、豇豆 (Van, 1625)、花生 (Adu , 1348)、Lotus japonicus (Lja, 1294)、Medicago truncatula (Mtr, 788) 和 Circer arietinum (Car, 124)。发散时间分析表明，LTR-RTs 的扩增时间范围在不同家族中存在显着差异。Copia元素的平均插入时间从0.51（Van）到137万年前（Mya）（Adu和Aip），而Gypsy元素的平均插入时间在0.22（Mtr）和1.82 Mya（Adu）之间。贝叶斯系统发育树分析表明，7 种豆科植物的 Copia 和 Gypsy 家族的 1397 和 1917 逆转录酶 (RT) 域分别聚类为 7 和 14 个主要组。分配给通路的转座因子 (TE) 相关基因的最高比例（约 94.79-100%）被映射到所有物种的代谢相关通路。该结果有助于了解全长 In-LTR-RTs 的结构，并将成为进一步研究 TEs 对豆科植物基因结构和表达影响的宝贵资源。79-100%) 分配给通路的转座因子 (TE) 相关基因被映射到所有物种的代谢相关通路。该结果有助于了解全长 In-LTR-RTs 的结构，并将成为进一步研究 TEs 对豆科植物基因结构和表达影响的宝贵资源。79-100%) 分配给通路的转座因子 (TE) 相关基因被映射到所有物种的代谢相关通路。该结果有助于了解全长 In-LTR-RTs 的结构，并将成为进一步研究 TEs 对豆科植物基因结构和表达影响的宝贵资源。