SBP-box genes are a class of plant-specific transcription factors which have a common DNA-binding domain (SBP-domain) with an unusual zinc-finger architecture. Many of the genes in this class are thought to play a developmental role and a few are involved in the determination of plant architecture. We have made a comparative study of these genes in the genomes of rice ( Oryza sativa japonica and Oryza sativa indica ) and its nine siblings using a recently proposed hybrid method for orthology and paralogy detection (HyPPO). According to HyPPO, the SBP-box proteins of rice siblings could be divided into twenty primary orthologous groups on the basis of their overall sequence features. This contrasts with a much less number of groups found in earlier work with other plant genomes using phylogenetic analysis of the SBP-domains only. The orthologous groups reported by HyPPO showed close correspondence in exon–intron structure and motif conservation. Comparison between different Oryza species revealed disparity in the maintenance of orthologous genes which may result in their different developmental characteristics. Inclusion of the SBP-box proteins from A. thaliana did not result in any change in the orthologous groups except for the A. thaliana proteins being added to some of the existing groups. The closer correspondence between the proteins in the primary orthologous clusters is expected to help in a more reliable prediction of their functions. It is also expected to provide better insight into the evolutionary history of this class of plant-specific proteins.

中文翻译：

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水稻同胞中SBP-box基因家族的比较研究

SBP-box 基因是一类植物特异性转录因子，具有共同的 DNA 结合域（SBP 域）和不寻常的锌指结构。该类中的许多基因被认为在发育中发挥作用，少数基因与植物结构的确定有关。我们使用最近提出的直系同源检测杂交方法 (HyPPO) 对水稻（粳稻和籼稻）及其九个兄弟姐妹的基因组中的这些基因进行了比较研究。根据 HyPPO，水稻兄弟姐妹的 SBP-box 蛋白可以根据它们的整体序列特征分为 20 个主要的直系同源组。这与早期仅使用 SBP 域的系统发育分析对其他植物基因组进行的工作中发现的组数要少得多。HyPPO 报告的直系同源组在外显子-内含子结构和基序保守性方面表现出密切的对应关系。不同稻种之间的比较揭示了直系同源基因维持的差异，这可能导致它们不同的发育特征。包含来自拟南芥的 SBP-box 蛋白质不会导致直系同源组发生任何变化，除了拟南芥蛋白质被添加到一些现有组中。预计初级直系同源簇中蛋白质之间更紧密的对应有助于更可靠地预测它们的功能。它还有望更好地了解此类植物特异性蛋白质的进化历史。不同稻种之间的比较揭示了直系同源基因维持的差异，这可能导致它们不同的发育特征。包含来自拟南芥的 SBP-box 蛋白质不会导致直系同源组发生任何变化，除了拟南芥蛋白质被添加到一些现有组中。预计初级直系同源簇中蛋白质之间更紧密的对应有助于更可靠地预测它们的功能。它还有望更好地了解此类植物特异性蛋白质的进化历史。不同稻种之间的比较揭示了直系同源基因维持的差异，这可能导致它们不同的发育特征。包含来自拟南芥的 SBP-box 蛋白质不会导致直系同源组发生任何变化，除了拟南芥蛋白质被添加到一些现有组中。预计初级直系同源簇中蛋白质之间更紧密的对应有助于更可靠地预测它们的功能。它还有望更好地了解此类植物特异性蛋白质的进化历史。除了拟南芥蛋白质被添加到一些现有组之外，拟南芥没有导致直系同源组发生任何变化。预计初级直系同源簇中蛋白质之间更紧密的对应有助于更可靠地预测它们的功能。它还有望更好地了解此类植物特异性蛋白质的进化历史。除了拟南芥蛋白质被添加到一些现有组之外，拟南芥没有导致直系同源组发生任何变化。预计初级直系同源簇中蛋白质之间更紧密的对应有助于更可靠地预测它们的功能。它还有望更好地了解此类植物特异性蛋白质的进化历史。