Hepatocellular carcinoma (HCC) is a common cancer of high mortality, mainly due to the difficulty in diagnosis during its clinical stage. Here we aim to find the gene biomarkers, which are of important significance for diagnosis and treatment. In this work, 3682 differentially expressed genes on HCC were firstly differentiated based on the Cancer Genome Atlas database (TCGA). Co-expression modules of these differentially expressed genes were then constructed based on the weighted correlation network algorithm. The correlation coefficient between the co-expression module and clinical data from the Broad GDAC Firehose was thereafter derived. Finally, the interactive network of genes was then constructed. Then, the hub genes were used to implement enrichment analysis and pathway analysis in the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) database. Results revealed that the abnormally expressed genes in the module played an important role in the biological process including cell division, sister chromatid cohesion, DNA repair, and G1/S transition of mitotic cell cycle. Meanwhile, these genes also enriched in a few crucial pathways related to Cell cycle, Oocyte meiosis, and p53 signaling. Via investigating the closeness centrality of the interactive network, eight gene biomarkers including the CKAP2, TPX2, CDCA8, KIFC1, MELK, SGO1, RACGAP1, and KIAA1524 gene were discovered, whose functions had been indeed revealed to be correlated with HCC. This study, therefore, suggests that the abnormal expression of those eight genes may be taken as gene biomarkers of HCC.

中文翻译：

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源自肝细胞癌临床数据的基因生物标志物。

肝细胞癌（HCC）是高死亡率的常见癌症，主要是由于其临床阶段的诊断困难。在这里，我们旨在寻找对诊断和治疗具有重要意义的基因生物标志物。在这项工作中，首先根据癌症基因组图谱数据库（TCGA）区分了HCC上3682个差异表达的基因。然后，基于加权相关网络算法构建这些差异表达基因的共表达模块。此后，得出了共表达模块与Broad GDAC Firehose的临床数据之间的相关系数。最后，构建了基因的互动网络。然后，使用集线器基因在注释数据库中进行富集分析和途径分析，可视化和集成发现（DAVID）数据库。结果表明，该模块中异常表达的基因在生物过程中起着重要作用，包括细胞分裂，姐妹染色单体凝聚力，DNA修复和有丝分裂细胞周期的G1 / S转变。同时，这些基因还丰富了与细胞周期，卵母细胞减数分裂和p53信号转导相关的一些关键途径。通过研究互动网络的接近中心性，发现了八个基因生物标记物，包括CKAP2，TPX2，CDCA8，KIFC1，MELK，SGO1，RACGAP1和KIAA1524基因，其功能确实与HCC相关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。结果表明，该模块中异常表达的基因在生物过程中起着重要作用，包括细胞分裂，姐妹染色单体凝聚力，DNA修复和有丝分裂细胞周期的G1 / S转变。同时，这些基因还丰富了与细胞周期，卵母细胞减数分裂和p53信号转导相关的一些关键途径。通过研究互动网络的接近中心性，发现了八个基因生物标记物，包括CKAP2，TPX2，CDCA8，KIFC1，MELK，SGO1，RACGAP1和KIAA1524基因，其功能确实与HCC相关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。结果表明，该模块中异常表达的基因在生物过程中起着重要作用，包括细胞分裂，姐妹染色单体凝聚，DNA修复和有丝分裂细胞周期的G1 / S过渡。同时，这些基因还丰富了与细胞周期，卵母细胞减数分裂和p53信号转导相关的一些关键途径。通过研究互动网络的接近中心性，发现了八个基因生物标记物，包括CKAP2，TPX2，CDCA8，KIFC1，MELK，SGO1，RACGAP1和KIAA1524基因，其功能确实与HCC相关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。和有丝分裂细胞周期的G1 / S过渡。同时，这些基因还丰富了与细胞周期，卵母细胞减数分裂和p53信号转导相关的一些关键途径。通过研究互动网络的接近中心性，发现了八个基因生物标记物，包括CKAP2，TPX2，CDCA8，KIFC1，MELK，SGO1，RACGAP1和KIAA1524基因，其功能确实与HCC相关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。和G1 / S过渡有丝分裂细胞周期。同时，这些基因还丰富了与细胞周期，卵母细胞减数分裂和p53信号转导相关的一些关键途径。通过研究互动网络的接近中心性，发现了八个基因生物标记物，包括CKAP2，TPX2，CDCA8，KIFC1，MELK，SGO1，RACGAP1和KIAA1524基因，其功能确实与HCC相关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。发现了KIAA1524和KIAA1524基因，其功能确实与HCC有关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。发现了KIAA1524和KIAA1524基因，其功能确实与HCC有关。因此，这项研究表明，这八个基因的异常表达可以作为肝癌的基因生物标志物。