提起三大神刊CNS(Cell、Nature、Science),每个搞科研(或被科研搞)的人应该都有所耳闻。Nature 和Science 刊发的是各个学科最前沿的研究成果,出现化学领域的大作十分常见。Cell,顾名思义是“细胞”,似乎和化学分属两个不同的一级学科。可是,最近Cell 杂志刊发了一篇和化学密切相关的研究论文,着实让人震惊(标题用了“震惊!”体,诸君勿怪~~)。这么有意义的事件,本君自然不会放过,今天就为大家简要梳理一下这篇文章。
看论文标题中的关键字“Novel Lead”,诸君大概猜到了,这篇发在Cell 上的文章居然来自药物化学领域。那么这个“新型先导化合物”是从何而来?文章又是哪里出彩才得到眼高于顶的Cell 编辑部的青睐?
咱们拧掉文章里的水份直接上干货。化合物TAM1是美国德克萨斯A&M大学James C. Sacchettini 教授团队前期发现的抗结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的活性化合物,并且证明了聚酮合酶13(Polyketide Synthase 13,PKs13)是该化合物的直接作用靶点。作者发现TAM1耐药的突变株中,PKs13的硫酯酶(TE)结构域中都能找到突变氨基酸。因此,作者明确了要研究TAM1对PKs13 TE结构域的作用。
James C. Sacchettini教授。图片来源:Texas A&M University
好啦,破题以后就可以开始走套路了。
提问:研究小分子与蛋白质相互作用的技术都有哪些啊?
回答:有X-Ray、NMR、SPR、ITC、MS、生化反应……(点击阅读详细)。
作者先选用生化反应来评价TAM1对PKs13-TE具有抑制作用,并且明确作用强度(IC50 = 0.26 μM);然后直接祭出大杀器X-Ray共晶结构,详细解析了TAM1与PKs13-TE的精确作用形式。咱还是直接上图吧。
新型苯并呋喃化合物抑制PKs13 TE结构域。图片来源:Cell
有了共晶结果,做化合物的结构修饰自然是事半功倍了,具体怎么增减基团似乎容易很多。值得一提的是,作者在优化结构的时候始终关注化合物的理化性质和代谢性质。最终得到了活性较TAM1提高两个数量级的化合物TAM16。咱们还是直接看看人家的结构修饰梗概吧。
结构指导的新化合物TAM16开发。图片来源:Cell
既然TAM16的活性这么好,按照常规套路就该评价其他性质了,比如药代动力学啦,毒性啦,体内药效啦。这篇文章是一个都没少。先看看理化性质和药代动力学参数吧。要不说人家这化合物发了Cell 呢,至少本君是没从下表参数中看到明显的缺陷。大写的“服”字!
TAM16的理化性质和药代动力学参数。图片来源:Cell
关于TAM16的毒性评价,作者做了一些细胞毒作用,小鼠连续3天单次给药300 mg/kg的急性毒性评价,对主要CYP异构体的抑制作用,对hERG的抑制作用,以及基因毒性。结果都相当喜人,由于TAM16没有什么毒性作用,作者也就没给出什么实验结果。
药代毒理都说的差不多了就轮到了药效。由于结核分枝杆菌存在着多种耐药突变,所以作者还评价了TAM16对常见耐药菌株的作用,结果也是可圈可点。
TAM16对常见结核分枝杆菌耐药株的抑制活性。图片来源:Cell
文末,作者用结核动物模型评价了TAM16的体内药效,该化合物体内药效十分显著,与异烟肼(isoniazid,INH)不相上下。(个人感觉,此处看柱状图不如看肺组织来的直接,所以我从支持信息中特意扒出来一张肺组织图片,估计外行也能看明白吧。)
TAM16的体内药效。图片来源:Cell
经过这么一番拆解,想必大家对这篇文章的思(套)路已经了然于胸啦。说句实在话,本君真没觉得这篇文章比那些发在J. Med. Chem. 上的文章巧妙多少,至少在药物化学理论或方法上没见到技惊四座的创新。但是,无可辩驳的是TAM16这个化合物的理化性质、药代性质、安全性、有效性都非常优秀,整篇文章的工作也沿袭了Cell 文章系统性高的一贯作风。在国内对影响因子迷之崇拜的氛围下,做创新药物的大团队或许有一天也能在CNS上发表文章。不过令人担忧的是,这也给某些外行领导手里塞了一条强硬的“证据”,他们可以大模大样地把这篇论文甩在研发人员脸上,“别老说做新药发不了高分文章,看看人家,也是开发新药的,都发Cell 了……”
唉,我能怎么办,我也很绝望啊!
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Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13
Cell, 2017, 170, 249-259.e25, DOI: 10.1016/j.cell.2017.06.025
(本文由乐只君子供稿)
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