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Degradation of the extracellular matrix is part of the pathology of ulcerative colitis
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2019-01-31 , DOI: 10.1039/c8mo00239h Stefan Kirov 1, 2, 3, 4 , Ariella Sasson 1, 2, 3, 4 , Clarence Zhang 1, 2, 3, 4 , Scott Chasalow 1, 2, 3, 4 , Ashok Dongre 3, 4, 5 , Hanno Steen 4, 6, 6, 7, 8 , Allan Stensballe 9, 10, 11, 12 , Vibeke Andersen 12, 13, 14, 15, 16 , Svend Birkelund 9, 10, 11, 12 , Tue Bjerg Bennike 4, 6, 6, 7, 8
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2019-01-31 , DOI: 10.1039/c8mo00239h Stefan Kirov 1, 2, 3, 4 , Ariella Sasson 1, 2, 3, 4 , Clarence Zhang 1, 2, 3, 4 , Scott Chasalow 1, 2, 3, 4 , Ashok Dongre 3, 4, 5 , Hanno Steen 4, 6, 6, 7, 8 , Allan Stensballe 9, 10, 11, 12 , Vibeke Andersen 12, 13, 14, 15, 16 , Svend Birkelund 9, 10, 11, 12 , Tue Bjerg Bennike 4, 6, 6, 7, 8
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The scientific value of re-analyzing existing datasets is often proportional to the complexity of the data. Proteomics data are inherently complex and can be analyzed at many levels, including proteins, peptides, and post-translational modifications to verify and/or develop new hypotheses. In this paper, we present our re-analysis of a previously published study comparing colon biopsy samples from ulcerative colitis (UC) patients to non-affected controls. We used a different statistical approach, employing a linear mixed-effects regression model and analyzed the data both on the protein and peptide level. In addition to confirming and reinforcing the original finding of upregulation of neutrophil extracellular traps (NETs), we report novel findings, including that Extracellular Matrix (ECM) degradation and neutrophil maturation are involved in the pathology of UC. The pharmaceutically most relevant differential protein expressions were confirmed using immunohistochemistry as an orthogonal method. As part of this study, we also compared proteomics data to previously published mRNA expression data. These comparisons indicated compensatory regulation at transcription levels of the ECM proteins we identified and open possible new avenues for drug discovery.
中文翻译：
细胞外基质的降解是溃疡性结肠炎病理的一部分
重新分析现有数据集的科学价值通常与数据的复杂性成正比。蛋白质组学数据天生就很复杂，可以在许多水平上进行分析，包括蛋白质，肽和翻译后修饰，以验证和/或提出新的假设。在本文中，我们对先前发表的研究进行了重新分析，该研究比较了溃疡性结肠炎（UC）患者与未患病对照的结肠活检样本。我们使用了不同的统计方法，采用了线性混合效应回归模型，并分析了蛋白质和多肽水平上的数据。除了确认和加强嗜中性粒细胞胞外陷阱（NETs）上调的原始发现外，我们还报告了一些新发现，包括细胞外基质（ECM）的降解和中性粒细胞的成熟与UC的病理过程有关。使用免疫组织化学作为正交方法确认了药学上最相关的差异蛋白表达。作为这项研究的一部分，我们还将蛋白质组学数据与以前发表的mRNA表达数据进行了比较。这些比较表明，我们确定了ECM蛋白转录水平的补偿性调控，并为药物发现开辟了可能的新途径。
更新日期：2019-02-13
中文翻译：
细胞外基质的降解是溃疡性结肠炎病理的一部分
重新分析现有数据集的科学价值通常与数据的复杂性成正比。蛋白质组学数据天生就很复杂，可以在许多水平上进行分析，包括蛋白质，肽和翻译后修饰，以验证和/或提出新的假设。在本文中，我们对先前发表的研究进行了重新分析，该研究比较了溃疡性结肠炎（UC）患者与未患病对照的结肠活检样本。我们使用了不同的统计方法，采用了线性混合效应回归模型，并分析了蛋白质和多肽水平上的数据。除了确认和加强嗜中性粒细胞胞外陷阱（NETs）上调的原始发现外，我们还报告了一些新发现，包括细胞外基质（ECM）的降解和中性粒细胞的成熟与UC的病理过程有关。使用免疫组织化学作为正交方法确认了药学上最相关的差异蛋白表达。作为这项研究的一部分，我们还将蛋白质组学数据与以前发表的mRNA表达数据进行了比较。这些比较表明，我们确定了ECM蛋白转录水平的补偿性调控，并为药物发现开辟了可能的新途径。
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