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Microfluidic Platform for Next-Generation Sequencing Library Preparation with Low-Input Samples.
Analytical Chemistry ( IF 6.7 ) Pub Date : 2020-01-14 , DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04086 Travis W Murphy 1 , Yuan-Pang Hsieh 1 , Bohan Zhu 1 , Lynette B Naler 1 , Chang Lu 1
Analytical Chemistry ( IF 6.7 ) Pub Date : 2020-01-14 , DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04086 Travis W Murphy 1 , Yuan-Pang Hsieh 1 , Bohan Zhu 1 , Lynette B Naler 1 , Chang Lu 1
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Advances in next-generation sequencing (NGS) have made available a wealth of information that had previously been inaccessible to researchers and clinicians. NGS has been applied to understand genomic, transcriptomic, and epigenomic changes and gained traction as a significant tool capable of accelerating diagnosis, prognosis, and biomarker discovery. However, these NGS assays have yet to be practical methods for patient stratification or diagnosis because of the gap between the tiny quantities of biomaterials provided by a clinical sample and the large DNA input required by most of these assays. Current library preparation methodologies typically require large input amounts of DNA and a long and complicated manual process. Here, we present a microfluidic droplet-based system for NGS library preparation, capable of reducing the number of pipetting steps significantly, reducing reagent consumption by 10×, and automating much of the process, while supporting an extremely low DNA input requirement (10 pg per library). This semiautomated technology will allow for low-input preparations of 8 libraries simultaneously while reducing batch-to-batch variation and operator hands-on time.
中文翻译：
用于低输入样品的下一代测序文库制备的微流控平台。
新一代测序 (NGS) 的进步为研究人员和临床医生提供了以前无法获取的大量信息。 NGS 已应用于了解基因组、转录组和表观基因组变化，并作为能够加速诊断、预后和生物标志物发现的重要工具而受到关注。然而，由于临床样本提供的微量生物材料与大多数这些检测所需的大量 DNA 输入之间存在差距，这些 NGS 检测尚未成为患者分层或诊断的实用方法。目前的文库制备方法通常需要输入大量 DNA 以及漫长而复杂的手动过程。在这里，我们提出了一种用于 NGS 文库制备的基于微流控液滴的系统，能够显着减少移液步骤数量，将试剂消耗减少 10 倍，并实现大部分过程的自动化，同时支持极低的 DNA 输入要求（10 pg）每个图书馆）。这种半自动化技术将允许同时低投入制备 8 个文库，同时减少批次之间的差异和操作员的动手时间。
更新日期：2020-01-15
中文翻译：
用于低输入样品的下一代测序文库制备的微流控平台。
新一代测序 (NGS) 的进步为研究人员和临床医生提供了以前无法获取的大量信息。 NGS 已应用于了解基因组、转录组和表观基因组变化，并作为能够加速诊断、预后和生物标志物发现的重要工具而受到关注。然而，由于临床样本提供的微量生物材料与大多数这些检测所需的大量 DNA 输入之间存在差距，这些 NGS 检测尚未成为患者分层或诊断的实用方法。目前的文库制备方法通常需要输入大量 DNA 以及漫长而复杂的手动过程。在这里，我们提出了一种用于 NGS 文库制备的基于微流控液滴的系统，能够显着减少移液步骤数量，将试剂消耗减少 10 倍，并实现大部分过程的自动化，同时支持极低的 DNA 输入要求（10 pg）每个图书馆）。这种半自动化技术将允许同时低投入制备 8 个文库，同时减少批次之间的差异和操作员的动手时间。
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