Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) is the gold standard method in targeted analysis of messenger RNA (mRNA) levels in a tissue. To minimize methodological errors, a reference gene (or a combination of reference genes) is routinely used for normalization to account for technical variables such as RNA quality and sample size. While presumed to have stable expression, reference genes in the brain can change during normal development, as well as in response to injury, such as traumatic brain injury (TBI). This study is the first to evaluate the stability of reference genes in a controlled cortical impact (CCI) model in the pediatric mouse brain, using two methods of qPCR normalization for optimal reference gene selection. Three week old mice were subjected to unilateral CCI at two severity of injuries (mild or severe), compared to sham controls. At 1 and 8 weeks post-injury, the ipsilateral hemisphere was analyzed to determine reference gene stability. Five commonly-used reference genes were compared: tyrosine 3 monooxygenase/tryptophan 5 monooxygenase activation protein zeta (Ywhaz), cyclophilin A (Ppia), hypoxanthine phosphoribosyl transferase (Hprt), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gapdh) and β-actin (Actb). Ppia and Hprt were chosen as the most stable combination of genes using GeNORM software analysis. These results highlight the instability of several commonly used reference genes after TBI, and provide a selection of validated genes for future gene expression analyses in the injured pediatric mouse brain.

中文翻译：

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在儿科小鼠模型中验证实验性创伤性脑损伤后用于基因表达分析的参考基因。

定量聚合酶链反应 (qPCR) 是靶向分析组织中信使 RNA (mRNA) 水平的金标准方法。为了最大限度地减少方法学错误，通常使用参考基因​​（或参考基因的组合）进行标准化，以说明 RNA 质量和样本大小等技术变量。虽然假定具有稳定表达，但大脑中的参考基因可以在正常发育过程中发生变化，以及对损伤做出反应，例如外伤性脑损伤 (TBI)。本研究首次使用 qPCR 标准化的两种方法来评估参考基因在儿科小鼠大脑中受控皮质影响 (CCI) 模型中的稳定性，以获得最佳参考基因选择。三周大的小鼠在两种严重程度的损伤（轻度或重度）下接受单侧 CCI，与假对照相比。在受伤后第 1 周和第 8 周，分析同侧半球以确定参考基因的稳定性。比较了五种常用的参考基因：酪氨酸 3 单加氧酶/色氨酸 5 单加氧酶激活蛋白 zeta (Ywhaz)、亲环蛋白 A (Ppia)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶 (Hprt)、3-磷酸甘油醛脱氢酶 (Gapdh) 和 β-肌动蛋白 (法案 b)。使用 GeNORM 软件分析，Ppia 和 Hprt 被选为最稳定的基因组合。这些结果突出了 TBI 后几种常用参考基因​​的不稳定性，并为未来在受伤的小儿小鼠大脑中进行基因表达分析提供了一系列经过验证的基因。比较了五种常用的参考基因：酪氨酸 3 单加氧酶/色氨酸 5 单加氧酶激活蛋白 zeta (Ywhaz)、亲环蛋白 A (Ppia)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶 (Hprt)、3-磷酸甘油醛脱氢酶 (Gapdh) 和 β-肌动蛋白 (法案 b)。使用 GeNORM 软件分析，Ppia 和 Hprt 被选为最稳定的基因组合。这些结果突出了 TBI 后几种常用参考基因​​的不稳定性，并为未来在受伤的小儿小鼠大脑中进行基因表达分析提供了一系列经过验证的基因。比较了五种常用的参考基因：酪氨酸 3 单加氧酶/色氨酸 5 单加氧酶激活蛋白 zeta (Ywhaz)、亲环蛋白 A (Ppia)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶 (Hprt)、3-磷酸甘油醛脱氢酶 (Gapdh) 和 β-肌动蛋白 (法案 b)。使用 GeNORM 软件分析，Ppia 和 Hprt 被选为最稳定的基因组合。这些结果突出了 TBI 后几种常用参考基因​​的不稳定性，并为未来在受伤的小儿小鼠大脑中进行基因表达分析提供了一系列经过验证的基因。使用 GeNORM 软件分析，Ppia 和 Hprt 被选为最稳定的基因组合。这些结果突出了 TBI 后几种常用参考基因​​的不稳定性，并为未来在受伤的小儿小鼠大脑中进行基因表达分析提供了一系列经过验证的基因。使用 GeNORM 软件分析，Ppia 和 Hprt 被选为最稳定的基因组合。这些结果突出了 TBI 后几种常用参考基因​​的不稳定性，并为未来在受伤的小儿小鼠大脑中进行基因表达分析提供了一系列经过验证的基因。