BACKGROUND Systemic sclerosis (SSc), a multi-organ disorder, is characterized by vascular abnormalities, dysregulation of the immune system, and fibrosis. The mechanisms underlying tissue pathology in SSc have not been entirely understood. This study intended to investigate the common and tissue-specific pathways involved in different tissues of SSc patients. METHODS An integrative gene expression analysis of ten independent microarray datasets of three tissues was conducted to identify differentially expressed genes (DEGs). DEGs were mapped to the search tool for retrieval of interacting genes (STRING) to acquire protein-protein interaction (PPI) networks. Then, functional clusters in PPI networks were determined. Enrichr, a gene list enrichment analysis tool, was utilized for the functional enrichment of clusters. RESULTS A total of 12, 2, and 4 functional clusters from 619, 52, and 119 DEGs were determined in the lung, peripheral blood mononuclear cell (PBMC), and skin tissues, respectively. Analysis revealed that the tumor necrosis factor (TNF) signaling pathway was enriched significantly in the three investigated tissues as a common pathway. In addition, clusters associated with inflammation and immunity were common in the three investigated tissues. However, clusters related to the fibrosis process were common in lung and skin tissues. CONCLUSIONS Analysis indicated that there were common pathological clusters that contributed to the pathogenesis of SSc in different tissues. Moreover, it seems that the common pathways in distinct tissues stem from a diverse set of genes.

中文翻译：

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系统性硬化症多个组织中的基因表达谱和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析。

背景技术系统性硬化症（SSc）是一种多器官疾病，其特征在于血管异常，免疫系统失调和纤维化。SSc中组织病理的潜在机制尚未完全了解。这项研究旨在调查SSc患者不同组织中涉及的常见途径和组织特异性途径。方法对三个组织的十个独立微阵列数据集进行整合基因表达分析，以鉴定差异表达基因（DEG）。将DEG映射到用于检索相互作用基因（STRING）的搜索工具，以获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。然后，确定了PPI网络中的功能集群。基因列表富集分析工具Enrichr用于簇的功能富集。结果总计12、2 分别在肺，外周血单核细胞（PBMC）和皮肤组织中确定了619、52和119个DEG的4个功能簇。分析显示，肿瘤坏死因子（TNF）信号传导途径在三个被调查组织中显着丰富，是常见途径。此外，与炎症和免疫相关的簇在三个被调查的组织中很常见。但是，与纤维化过程相关的簇在肺和皮肤组织中很常见。结论分析表明，在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。外周血单个核细胞（PBMC）和皮肤组织。分析显示，肿瘤坏死因子（TNF）信号传导途径在三个被调查组织中显着丰富，是常见途径。此外，与炎症和免疫相关的簇在三个被调查的组织中很常见。但是，与纤维化过程相关的簇在肺和皮肤组织中很常见。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径源自一组不同的基因。外周血单个核细胞（PBMC）和皮肤组织。分析显示，肿瘤坏死因子（TNF）信号传导途径在三个被调查组织中显着丰富，是常见途径。此外，与炎症和免疫相关的簇在三个被调查的组织中很常见。但是，与纤维化过程相关的簇在肺和皮肤组织中很常见。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。分析显示，肿瘤坏死因子（TNF）信号传导途径在三个被调查组织中显着丰富，是常见途径。此外，与炎症和免疫相关的簇在三个被调查的组织中很常见。但是，与纤维化过程相关的簇在肺和皮肤组织中很常见。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。分析显示，肿瘤坏死因子（TNF）信号传导途径在三个被调查组织中显着丰富，是常见途径。此外，与炎症和免疫相关的簇在三个被调查的组织中很常见。但是，与纤维化过程相关的簇在肺和皮肤组织中很常见。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。结论分析表明在不同组织中存在共同的病理簇导致SSc的发病。而且，似乎在不同组织中的共同途径起源于各种各样的基因。