Tick-borne viruses have emerged recently in many parts of the world, and the discoveries of novel tick-borne viruses have been accelerated by the development of high-throughput sequencing technology. In this study, a cost-efficient small benchtop next-generation sequencer, the Illumina MiniSeq, was used for the RNA virome analysis of questing ticks collected from Hokuriku District, Japan, and assessed for their potential utility in a tick-borne virus surveillance system. We detected two phleboviruses [Kabuto Mountain virus (KAMV) and Okutama tick virus (OKTV)], a coltivirus [Tarumizu tick virus (TarTV)], and a novel iflavirus [Hamaphysalis flava iflavirus (HfIFV)] from tick homogenates and/or cell culture supernatants after virus isolation processes. The number of sequence reads from KAMV and TarTV markedly increased when cell culture supernatants were used, indicating a successful isolation of these viruses. In contrast, OKTV and HfIFV were detected only in tick homogenates but not from cell culture supernatants, suggesting a failure to isolate these viruses. Furthermore, we performed genomic and phylogenetic analyzes of these detected viruses. OKTV and some phleboviruses discovered recently by NGS-based methods were probably deficient in the M genome segment, which are herein proposed as M segment-deficient phlebovirus (MdPV). A phylogenetic analysis of phleboviruses, including MdPV, suggested that Uukuniemi and Kaisodi group viruses and kabutoviruses evolved from an ancestral MdPV, which provides insights into the evolutionary dynamics of phleboviruses as emerging pathogens.

ick传播的病毒最近在世界许多地方出现，并且通过高通量测序技术的发展促进了新的tick传播的病毒的发现。在这项研究中，使用了经济高效的小型台式下一代测序仪Illumina MiniSeq，对从日本北陆地区收集的tick进行RNA病毒分析，并对其在a传播的病毒监控系统中的潜在效用进行了评估。 。我们从tick的匀浆和/或细胞中检测到两种静脉病毒[Kabuto Mountain病毒（KAMV）和Okutama壁虱病毒（OKTV）]，一种结肠病毒[Tarumizu壁虱病毒（TarTV）]和一种新型的叶病毒[Hamaphysalis flava iflavirus（HfIFV）]。病毒分离过程后培养上清液。使用细胞培养上清液时，从KAMV和TarTV读取的序列数显着增加，表明已成功分离出这些病毒。相反，仅在tick匀浆中检出了OKTV和HfIFV，而在细胞培养上清液中未检出，这表明未能分离出这些病毒。此外，我们对这些检测到的病毒进行了基因组和系统发育分析。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。表明成功隔离了这些病毒。相反，仅在tick匀浆中检出了OKTV和HfIFV，而在细胞培养上清液中未检出，这表明未能分离出这些病毒。此外，我们对这些检测到的病毒进行了基因组和系统发育分析。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。表明成功隔离了这些病毒。相反，仅在tick匀浆中检出了OKTV和HfIFV，而在细胞培养上清液中未检出，这表明未能分离出这些病毒。此外，我们对这些检测到的病毒进行了基因组和系统发育分析。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。仅在tick匀浆中检测到OKTV和HfIFV，而未在细胞培养上清液中检测到，表明无法分离出这些病毒。此外，我们对这些检测到的病毒进行了基因组和系统发育分析。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。仅在tick匀浆中检测到OKTV和HfIFV，而未在细胞培养上清液中检测到，表明无法分离出这些病毒。此外，我们对这些检测到的病毒进行了基因组和系统发育分析。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。OKTV和最近通过基于NGS的方法发现的一些静脉病毒可能缺乏M基因组片段，在本文中被提议为M片段缺陷静脉病毒（MdPV）。对包括MdPV在内的静脉病毒的系统发育分析表明，Uukuniemi和Kaisodi群病毒和kabutoviruses是从祖先的MdPV进化而来，这为作为新兴病原体的静脉病毒的进化动力学提供了见识。