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Variant in ERAP1 promoter region is associated with low expression in a patient with a Behçet-like MHC-I-opathy.
Journal of Human Genetics ( IF 2.6 ) Pub Date : 2019-12-23 , DOI: 10.1038/s10038-019-0709-y Chrysoula Dimopoulou 1, 2 , Jens D Lundgren 1 , Jon Sundal 3 , Henrik Ullum 4 , Pål Aukrust 5, 6, 7 , Finn C Nielsen 2 , Rasmus L Marvig 2
Journal of Human Genetics ( IF 2.6 ) Pub Date : 2019-12-23 , DOI: 10.1038/s10038-019-0709-y Chrysoula Dimopoulou 1, 2 , Jens D Lundgren 1 , Jon Sundal 3 , Henrik Ullum 4 , Pål Aukrust 5, 6, 7 , Finn C Nielsen 2 , Rasmus L Marvig 2
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Behçet disease (BD) is an immune-mediated disease. The cause of BD remains unknown, but the existence of multiple pathological pathways is suspected, including different genetic factors. Polymorphisms in ERAP1 gene have been associated with an increased risk of BD. However, while current BD-associated ERAP1 variants are suggested to contribute to disease by altering the activity of the encoded protein, there is no knowledge of variants that alter the expression level of ERAP1, despite previous associations between ERAP1 expression and BD. Here, we used whole-exome sequencing of a patient with a Behçet-like MHC-I-opathy to identify that the patient, unlike its healthy parents, was homozygous for a rare 1-bp deletion, rs140416843, in the promoter region of ERAP1. rs140416843 has not previously been associated with disease, but is linked to ERAP1 haplotype Hap10 which is associated with BD. The expression of ERAP1 by both RT-qPCR and RNA sequencing showed that ERAP1 mRNA expression correlated with the zygosity for the identified deletion and was decreased in comparison to a healthy cohort. In conclusion, we diagnosed the patient as having BD, and hypothesize that rs140416843-mediated changes in ERAP1 expression play a causative role in BD and that this risk factor is contributing to the association between Hap10 and BD. This is the first report to identify a variant that may cause BD by altering the expression of ERAP1, and our findings suggest that downregulation of ERAP1 expression can serve as a diagnostic marker for BD.
中文翻译：
ERAP1 启动子区域的变异与 Behçet 样 MHC-I 病患者的低表达有关。
白塞病（BD）是一种免疫介导的疾病。BD的病因尚不清楚，但怀疑存在多种病理途径，包括不同的遗传因素。ERAP1 基因的多态性与 BD 的风险增加有关。然而，虽然目前的 BD 相关 ERAP1 变体被认为通过改变编码蛋白的活性来促进疾病，但没有关于改变 ERAP1 表达水平的变体的知识，尽管之前 ERAP1 表达与 BD 之间存在关联。在这里，我们对患有 Behçet 样 MHC-I 病的患者进行全外显子组测序，以确定该患者与其健康父母不同，是 ERAP1 启动子区域中罕见的 1-bp 缺失 rs140416843 的纯合子. rs140416843 以前与疾病无关，但与与 BD 相关的 ERAP1 单倍型 Hap10 相关。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。
更新日期：2019-12-23
中文翻译：
ERAP1 启动子区域的变异与 Behçet 样 MHC-I 病患者的低表达有关。
白塞病（BD）是一种免疫介导的疾病。BD的病因尚不清楚，但怀疑存在多种病理途径，包括不同的遗传因素。ERAP1 基因的多态性与 BD 的风险增加有关。然而，虽然目前的 BD 相关 ERAP1 变体被认为通过改变编码蛋白的活性来促进疾病，但没有关于改变 ERAP1 表达水平的变体的知识，尽管之前 ERAP1 表达与 BD 之间存在关联。在这里，我们对患有 Behçet 样 MHC-I 病的患者进行全外显子组测序，以确定该患者与其健康父母不同，是 ERAP1 启动子区域中罕见的 1-bp 缺失 rs140416843 的纯合子. rs140416843 以前与疾病无关，但与与 BD 相关的 ERAP1 单倍型 Hap10 相关。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。RT-qPCR 和 RNA 测序对 ERAP1 的表达表明，ERAP1 mRNA 表达与已识别缺失的接合性相关，并且与健康队列相比有所降低。总之，我们诊断患者患有 BD，并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。并假设 rs140416843 介导的 ERAP1 表达变化在 BD 中起致病作用，并且该风险因素有助于 Hap10 和 BD 之间的关联。这是第一份通过改变 ERAP1 的表达来确定可能导致 BD 的变异的报告，我们的研究结果表明 ERAP1 表达的下调可以作为 BD 的诊断标志物。
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