Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
Splicing Kinetics and Coordination Revealed by Direct Nascent RNA Sequencing through Nanopores.
Molecular Cell ( IF 14.5 ) Pub Date : 2019-12-12 , DOI: 10.1016/j.molcel.2019.11.017 Heather L Drexler 1 , Karine Choquet 1 , L Stirling Churchman 1
Molecular Cell ( IF 14.5 ) Pub Date : 2019-12-12 , DOI: 10.1016/j.molcel.2019.11.017 Heather L Drexler 1 , Karine Choquet 1 , L Stirling Churchman 1
Affiliation
|
Understanding how splicing events are coordinated across numerous introns in metazoan RNA transcripts requires quantitative analyses of transient RNA processing events in living cells. We developed nanopore analysis of co-transcriptional processing (nano-COP), in which nascent RNAs are directly sequenced through nanopores, exposing the dynamics and patterns of RNA splicing without biases introduced by amplification. Long nano-COP reads reveal that, in human and Drosophila cells, splicing occurs after RNA polymerase II transcribes several kilobases of pre-mRNA, suggesting that metazoan splicing transpires distally from the transcription machinery. Inhibition of the branch-site recognition complex SF3B rapidly diminished global co-transcriptional splicing. We found that splicing order does not strictly follow the order of transcription and is associated with cis-acting elements, alternative splicing, and RNA-binding factors. Further, neighboring introns in human cells tend to be spliced concurrently, implying that splicing of these introns occurs cooperatively. Thus, nano-COP unveils the organizational complexity of RNA processing.
中文翻译：
通过纳米孔直接新生 RNA 测序揭示剪接动力学和协调。
了解后生动物 RNA 转录本中众多内含子之间的剪接事件如何协调，需要对活细胞中的瞬时 RNA 加工事件进行定量分析。我们开发了共转录处理的纳米孔分析 (nano-COP)，其中新生 RNA 通过纳米孔直接测序，揭示了 RNA 剪接的动态和模式，而没有扩增引入的偏差。长纳米 COP 读数显示，在人类和果蝇细胞中，剪接发生在 RNA 聚合酶 II 转录数千碱基的前 mRNA 后，表明后生动物剪接发生在转录机器的远端。分支位点识别复合物 SF3B 的抑制迅速减少了全局共转录剪接。我们发现剪接顺序并不严格遵循转录顺序，而是与顺式作用元件、选择性剪接和RNA结合因子相关。此外，人类细胞中相邻的内含子往往同时剪接，这意味着这些内含子的剪接是协同发生的。因此，nano-COP 揭示了 RNA 加工的组织复杂性。
更新日期：2019-12-13
中文翻译：
通过纳米孔直接新生 RNA 测序揭示剪接动力学和协调。
了解后生动物 RNA 转录本中众多内含子之间的剪接事件如何协调，需要对活细胞中的瞬时 RNA 加工事件进行定量分析。我们开发了共转录处理的纳米孔分析 (nano-COP)，其中新生 RNA 通过纳米孔直接测序，揭示了 RNA 剪接的动态和模式，而没有扩增引入的偏差。长纳米 COP 读数显示，在人类和果蝇细胞中，剪接发生在 RNA 聚合酶 II 转录数千碱基的前 mRNA 后，表明后生动物剪接发生在转录机器的远端。分支位点识别复合物 SF3B 的抑制迅速减少了全局共转录剪接。我们发现剪接顺序并不严格遵循转录顺序，而是与顺式作用元件、选择性剪接和RNA结合因子相关。此外，人类细胞中相邻的内含子往往同时剪接，这意味着这些内含子的剪接是协同发生的。因此，nano-COP 揭示了 RNA 加工的组织复杂性。
京公网安备 11010802027423号