BACKGROUND Prostate cancer (Pca) remains one of the leading adult malignancies. PTEN (Phosphatase and Tensin Homolog) mutant is the top common mutated genes in prostate cancer, which makes it a promising biomarker in future individualized treatment. METHODS We obtained gene expression data of prostate cancer from TCGA (The Cancer Genome Atlas) database for analysis. We analyzed the DEGs (differentially expressed genes), and used online tools or software to analyze Gene ontology (GO) and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Gene set enrichment analysis (GSEA), Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins, and Molecular Complex Detection. RESULTS Latest TCGA data showed PTEN mutation in about 22% patients. 1736 DEGs in total were identified. Results of gene functional enrichment analyses showed that muscle contraction, negative regulation of growth and multiple metabolic progression were significantly enriched. GNG13, ACTN2, POTEE, ACTA1, MYH6, MYH3, MYH7, MYL1, TNNC1 and TNNC2 were the top ten hub genes. Patients with PTEN mutation showed relatively decreased mRNA expression level of PTEN. Survival analysis indicated the risk of disease recurrence in patients with PTEN mutation. CONCLUSIONS Our findings suggested that PTEN mutation in prostate cancer may induce changes in a variety of genes and pathways and affect disease progression, suggesting the significance of PTEN mutation in individualized treatment of prostate cancer.

中文翻译：

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通过生物信息学分析鉴定PTEN突变前列腺癌的关键途径和基因。

背景技术前列腺癌（Pca）仍然是主要的成人恶性肿瘤之一。PTEN（磷酸酶和张力蛋白同源物）突变体是前列腺癌中最常见的突变基因，这使其成为未来个体化治疗中有希望的生物标志物。方法我们从TCGA（癌症基因组图谱）数据库中获得了前列腺癌的基因表达数据进行分析。我们分析了DEG（差异表达的基因），并使用在线工具或软件来分析基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG），基因集富集分析（GSEA），用于检索相互作用的搜索工具基因/蛋白质和分子复合物检测。结果最新的TCGA数据显示约22％的患者存在PTEN突变。共鉴定出1736个DEG。基因功能富集分析的结果表明，肌肉收缩，生长和多种代谢进程的负调节作用显着丰富。GNG13，ACTN2，POTEE，ACTA1，MYH6，MYH3，MYH7，MYL1，TNNC1和TNNC2是排名前十的中枢基因。PTEN突变的患者显示PTEN的mRNA表达水平相对降低。生存分析表明，PTEN突变患者有疾病复发的风险。结论我们的研究结果表明，前列腺癌中的PTEN突变可能诱导多种基因和途径发生变化，并影响疾病的进展，提示PTEN突变在前列腺癌的个体化治疗中具有重要意义。PTEN突变的患者显示PTEN的mRNA表达水平相对降低。生存分析表明，PTEN突变患者有疾病复发的风险。结论我们的研究结果表明，前列腺癌中的PTEN突变可能诱导多种基因和途径发生变化，并影响疾病的进展，提示PTEN突变在前列腺癌的个体化治疗中具有重要意义。PTEN突变的患者显示PTEN的mRNA表达水平相对降低。生存分析表明，PTEN突变患者有疾病复发的风险。结论我们的研究结果表明，前列腺癌中的PTEN突变可能诱导多种基因和途径发生变化，并影响疾病的进展，提示PTEN突变在前列腺癌的个体化治疗中具有重要意义。