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Comp. Biochem. Physiol. D Genom. Proteom.
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Genome-wide identification of JNK and p38 gene family in Ctenopharyngodon idella and their expression profiles in response to bacterial challenge.
Comparative Biochemistry and Physiology D: Genomics & Proteomics ( IF 2.2 ) Pub Date : 2019-11-29 , DOI: 10.1016/j.cbd.2019.100647 Xiaoyan Xu 1 , Lizhu Tao 1 , Anqi Wang 1 , Liuyang Li 2 , Kun Fan 2 , Yubang Shen 2 , Jiale Li 3
Comparative Biochemistry and Physiology D: Genomics & Proteomics ( IF 2.2 ) Pub Date : 2019-11-29 , DOI: 10.1016/j.cbd.2019.100647 Xiaoyan Xu 1 , Lizhu Tao 1 , Anqi Wang 1 , Liuyang Li 2 , Kun Fan 2 , Yubang Shen 2 , Jiale Li 3
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c-Jun N-terminal kinases (JNKs) and p38s are central components of signal transduction pathways, which are stimulated mainly by environmental stress and inflammatory cytokines. Manipulation of JNK and p38 dependent immune responses either boosts or subdues immune responses to infectious diseases or inflammatory disorders. In this study, we analyzed the whole-genome database of the grass carp and identified 4 JNK and 6 p38 genes. JNK and p38 genes of grass carp were distributed in 7 out of 24 chromosomes. All JNK and p38 proteins contained characteristic dual-phosphorylation site. The JNKs contain a specific dual-phosphorylation consensus ((Thr-Pro-Tyr) that is different from that of the p38 proteins (Thr-Gly-Tyr). Deduced gene secondary structure analyses as well as the syntenic analyses further supported their annotation and orthologs. Results of tissue distribution detection revealed that JNK and p38 genes exhibited lower expression in health grass carp. The mRNA expression levels of JNK and p38 genes were significantly up-regulated in tissues and CIK cells after bacterial infection, indicating their potential roles in bacterial-regulated immune responses. These findings in our study will facilitate the further evolutionary characterization of JNK and p38 genes in teleost species and provide a theoretical basis for their functional study.
中文翻译：
全基因组识别Jten和p38基因家族中的Ctenopharyngodon idella及其表达谱响应细菌的挑战。
c-Jun N末端激酶（JNKs）和p38s是信号转导途径的主要组成部分，主要受到环境压力和炎性细胞因子的刺激。操纵JNK和p38依赖性免疫反应可增强或抑制对传染病或炎性疾病的免疫反应。在这项研究中，我们分析了草鱼的全基因组数据库，并鉴定了4个JNK和6个p38基因。草鱼的JNK和p38基因分布在24条染色体中的7条中。所有的JNK和p38蛋白都含有特征性的双磷酸化位点。JNKs包含一个特异的双磷酸化共有序列（（Thr-Pro-Tyr），不同于p38蛋白（Thr-Gly-Tyr）。直系同源物。组织分布检测结果表明，JNK和p38基因在健康草鱼中表达较低。细菌感染后，组织和CIK细胞中JNK和p38基因的mRNA表达水平显着上调，表明它们在细菌调节的免疫反应中具有潜在作用。我们研究中的这些发现将有助于硬骨鱼类中JNK和p38基因的进一步进化特征，并为其功能研究提供理论基础。
更新日期：2019-11-30
中文翻译：
全基因组识别Jten和p38基因家族中的Ctenopharyngodon idella及其表达谱响应细菌的挑战。
c-Jun N末端激酶（JNKs）和p38s是信号转导途径的主要组成部分，主要受到环境压力和炎性细胞因子的刺激。操纵JNK和p38依赖性免疫反应可增强或抑制对传染病或炎性疾病的免疫反应。在这项研究中，我们分析了草鱼的全基因组数据库，并鉴定了4个JNK和6个p38基因。草鱼的JNK和p38基因分布在24条染色体中的7条中。所有的JNK和p38蛋白都含有特征性的双磷酸化位点。JNKs包含一个特异的双磷酸化共有序列（（Thr-Pro-Tyr），不同于p38蛋白（Thr-Gly-Tyr）。直系同源物。组织分布检测结果表明，JNK和p38基因在健康草鱼中表达较低。细菌感染后，组织和CIK细胞中JNK和p38基因的mRNA表达水平显着上调，表明它们在细菌调节的免疫反应中具有潜在作用。我们研究中的这些发现将有助于硬骨鱼类中JNK和p38基因的进一步进化特征，并为其功能研究提供理论基础。
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