Antiretroviral therapy (ART) can effectively suppress ongoing HIV replication and block disease progression, but the infection is never cured due to the persistence of a small pool of latently infected cells hosting integrated replication-competent HIV proviruses. However, the vast majority of HIV proviruses in ART-treated patients are replication-incompetent due to a variety of genetic defects. Most defective proviruses (around 90%) contain large internal deletions or are G-to-A hypermutated, resulting in destruction of most if not all viral open reading frames, which is consistent with the idea that cytotoxic T cells (CTLs) effectively remove cells that produce viral antigens. An intriguing subclass of defective proviruses (around 10%) that are consistently detected in such patients carry a small deletion or a point mutation in a relatively precise and well conserved region near the 5ʹ end of the HIV genome, in the area that encodes the major splice donor (MSD) site and the packaging signal Ѱ in the viral RNA genome. Why this subclass of proviruses is defective has never been properly understood. We now propose a mechanistic scenario for how these MSD-Ѱ mutations can prevent viral protein expression. Based on ample results in literature, we argue that MSD inactivation triggers the activity of the 5ʹ-polyadenylation site, resulting in the production of ultra-short non-protein-coding HIV transcripts.

中文翻译：

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关于 MSD-Ѱ 类缺陷 HIV 前病毒的产生

抗逆转录病毒疗法 (ART) 可以有效地抑制正在进行的 HIV 复制并阻止疾病进展，但由于一小部分潜伏感染细胞的持续存在，这种感染永远无法治愈，这些细胞中存在整合的具有复制能力的 HIV 前病毒。然而，由于各种遗传缺陷，ART 治疗患者中的绝大多数 HIV 前病毒无法复制。大多数有缺陷的原病毒（约 90%）包含大的内部缺失或 G-to-A 超突变，导致大部分（如果不是全部）病毒开放阅读框被破坏，这与细胞毒性 T 细胞 (CTL) 有效去除细胞的想法一致产生病毒抗原。在此类患者中持续检测到的一个有趣的有缺陷的原病毒亚类（约 10%）在 HIV 基因组 5ʹ 末端附近的一个相对精确且高度保守的区域中带有小缺失或点突变，该区域编码主要剪接供体 (MSD) 位点和病毒 RNA 基因组中的包装信号 Ѱ。为什么这个原病毒子类是有缺陷的从未被正确理解。我们现在提出了这些 MSD-Ѱ 突变如何阻止病毒蛋白表达的机制方案。基于文献中的大量结果，我们认为 MSD 失活会触发 5ʹ-聚腺苷酸化位点的活性，从而产生超短的非蛋白质编码 HIV 转录本。在编码主要剪接供体 (MSD) 位点和病毒 RNA 基因组中的包装信号 Ѱ 的区域。为什么这个原病毒子类是有缺陷的从未被正确理解。我们现在提出了这些 MSD-Ѱ 突变如何阻止病毒蛋白表达的机制方案。基于文献中的大量结果，我们认为 MSD 失活会触发 5ʹ-聚腺苷酸化位点的活性，从而产生超短的非蛋白质编码 HIV 转录本。在编码主要剪接供体 (MSD) 位点和病毒 RNA 基因组中的包装信号 Ѱ 的区域。为什么这个原病毒子类是有缺陷的从未被正确理解。我们现在提出了一个关于这些 MSD-Ѱ 突变如何阻止病毒蛋白表达的机制方案。基于文献中的大量结果，我们认为 MSD 失活会触发 5ʹ-聚腺苷酸化位点的活性，从而产生超短的非蛋白质编码 HIV 转录本。