BackgroundThe demonstration of EGFR T790M gene mutation in plasma is crucial to assess the eligibility of Non Small Cell Lung Cancer (NSCLC) patients, who have acquired resistance to first or second generation Tyrosine Kinase Inhibitors (TKIs), to receive a subsequent treatment with osimertinib. Since circulating tumor DNA (ctDNA) is present in very low amounts in plasma, high sensitive and specific methods are required for molecular analysis.Improving sensitivity of T790M mutation detection in plasma ctDNA enables a larger number of NSCLC patients to receive the appropriate therapy without any further invasive procedure.MethodsA tag-based next generation sequencing (NGS) platform capable of tagging rare circulating tumor DNA alleles was employed in this study for the identification of T790M mutation in 42 post-TKI NSCLC patients.ResultsCompared to Real Time PCR, tag-based NGS improved the T790M detection rate (42.85% versus 21.4%, respectively), especially in those cases with a low median mutation abundance (i.e. 0.24, range 0.07–0.78). Moreover, the tag-based NGS identified EGFR activating mutations more efficiently than Real Time PCR (85.7% versus 61.9% detection rate, respectively), particularly of the L858R variant type (0.06–0.75 mutation abundance range). Patients in whom the T790M mutation was detected in plasma, achieved an objective response to osimertinib (9/14, 64.28%).ConclusionsTag-based NGS represents an accurate and sensitive tool in a clinical setting for non-invasive assessment and monitoring of T790M variant in NSCLC patients.

中文翻译：

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基于标签的下一代测序：一种可行且可靠的非小细胞肺癌患者循环肿瘤 DNA EGFR T790M 突变检测方法

背景 血浆中 EGFR T790M 基因突变的证明对于评估对第一代或第二代酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 产生耐药性的非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者接受奥希替尼后续治疗的资格至关重要。由于血浆中循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的含量非常低，因此分子分析需要高灵敏度和特异的方法。 提高血浆 ctDNA 中 T790M 突变检测的灵敏度，使更多的 NSCLC 患者无需任何治疗即可接受适当的治疗。进一步的侵入性程序。方法本研究采用能够标记稀有循环肿瘤DNA等位基因的基于标签的下一代测序（NGS）平台来鉴定42名TKI后NSCLC患者的T790M突变。结果与实时 PCR 相比，基于标签的 NGS 提高了 T790M 检测率（分别为 42.85% 和 21.4%），尤其是在突变丰度中位数较低的情况下（即 0.24，范围 0.07-0.78）。此外，基于标签的 NGS 比实时 PCR 更有效地识别 EGFR 激活突变（检测率分别为 85.7% 和 61.9%），尤其是 L858R 变异类型（0.06-0.75 突变丰度范围）。在血浆中检测到 T790M 突变的患者对奥希替尼达到客观反应（9/14，64.28%）。结论基于标签的 NGS 代表了临床环境中用于无创评估和监测 T790M 变异的准确和敏感的工具在非小细胞肺癌患者中。特别是在那些突变丰度中位数较低的情况下（即 0.24，范围 0.07-0.78）。此外，基于标签的 NGS 比实时 PCR 更有效地识别 EGFR 激活突变（检测率分别为 85.7% 和 61.9%），尤其是 L858R 变异类型（0.06-0.75 突变丰度范围）。在血浆中检测到 T790M 突变的患者对奥希替尼达到客观反应（9/14，64.28%）。结论基于标签的 NGS 代表了临床环境中用于无创评估和监测 T790M 变异的准确和敏感的工具在非小细胞肺癌患者中。特别是在那些突变丰度中位数较低的情况下（即 0.24，范围 0.07-0.78）。此外，基于标签的 NGS 比实时 PCR 更有效地识别 EGFR 激活突变（检测率分别为 85.7% 和 61.9%），尤其是 L858R 变异类型（0.06-0.75 突变丰度范围）。在血浆中检测到 T790M 突变的患者对奥希替尼达到客观反应（9/14，64.28%）。结论基于标签的 NGS 代表了临床环境中用于无创评估和监测 T790M 变异的准确和敏感的工具在非小细胞肺癌患者中。特别是 L858R 变异类型（0.06-0.75 突变丰度范围）。在血浆中检测到 T790M 突变的患者对奥希替尼达到客观反应（9/14，64.28%）。结论基于标签的 NGS 代表了临床环境中用于无创评估和监测 T790M 变异的准确和敏感的工具在非小细胞肺癌患者中。特别是 L858R 变异类型（0.06-0.75 突变丰度范围）。在血浆中检测到 T790M 突变的患者对奥希替尼达到客观反应（9/14，64.28%）。结论基于标签的 NGS 代表了临床环境中用于无创评估和监测 T790M 变异的准确和敏感的工具在非小细胞肺癌患者中。