BACKGROUND In Malaysia, the domestic water buffaloes (Bubalus bubalis) are classified into the swamp and the murrah buffaloes. Identification of these buffaloes is usually made via their phenotypic appearances. This study characterizes the subspecies of water buffaloes using karyotype, molecular and phylogenetic analyses. Blood of 105 buffaloes, phenotypically identified as swamp, murrah and crossbred buffaloes were cultured, terminated and harvested using conventional karyotype protocol to determine the number of chromosomes. Then, the D-loop of mitochondrial DNA of 10 swamp, 6 crossbred and 4 murrah buffaloes which were identified earlier by karyotyping were used to construct a phylogenetic tree was constructed. RESULTS Karyotypic analysis confirmed that all 93 animals phenotypically identified as swamp buffaloes with 48 chromosomes, all 7 as crossbreds with 49 chromosomes, and all 5 as murrah buffaloes with 50 chromosomes. The D-loop of mitochondrial DNA analysis showed that 10 haplotypes were observed with haplotype diversity of 0.8000 ± 0.089. Sequence characterization revealed 72 variables sites in which 67 were parsimony informative sites with sequence diversity of 0.01906. The swamp and murrah buffaloes clearly formed 2 different clades in the phylogenetic tree, indicating clear maternal divergence from each other. The crossbreds were grouped within the swamp buffalo clade, indicating the dominant maternal swamp buffalo gene in the crossbreds. CONCLUSION Thus, the karyotyping could be used to differentiate the water buffaloes while genotypic analysis could be used to characterize the water buffaloes and their crossbreds.

中文翻译：

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基于核型和mtDNA的马来西亚水牛表征。

背景技术在马来西亚，家用水牛（Bubalus bubalis）被分为沼泽和穆拉水牛。通常通过它们的表型外观来鉴定这些水牛。这项研究使用核型，分子和系统发育分析来表征水牛的亚种。用常规的染色体核型方法培养，终止和收获105个表型典型地为沼泽，穆拉和杂种水牛的水牛的血液，以确定染色体数。然后，利用早期通过核型鉴定的10个沼泽，6个杂交和4个穆拉水牛的线粒体DNA的D-环被构建，以构建系统发育树。结果核型分析证实，在表型上，所有93只动物均被鉴定为具有48条染色体的沼泽水牛，所有7个都是49条染色体的杂交种，所有5个是50条染色体的穆拉水牛。线粒体DNA分析的D-环显示，观察到10个单倍型，单倍型多样性为0.8000±0.089。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。以及全部5个带有50条染色体的Murrah水牛。线粒体DNA分析的D-环显示，观察到10个单倍型，单倍型多样性为0.8000±0.089。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽和穆拉野牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母体之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。以及全部5个带有50条染色体的Murrah水牛。线粒体DNA分析的D-环显示，观察到10个单倍型，单倍型多样性为0.8000±0.089。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。线粒体DNA分析的D-环显示，观察到10个单倍型，单倍型多样性为0.8000±0.089。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。线粒体DNA分析的D-环显示，观察到10个单倍型，单倍型多样性为0.8000±0.089。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。序列表征揭示了72个可变位点，其中67个为简约信息位点，序列多样性为0.01906。沼泽水牛和穆拉水牛在系统发育树中清楚地形成了2个不同的进化枝，表明母亲之间存在明显的分歧。杂种在沼泽水牛进化枝内分组，表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。表明杂种中占主导地位的母体沼泽水牛基因。结论因此，核型分析可用于区分水牛，而基因型分析可用于表征水牛及其杂种。