BACKGROUND Patients on antiretroviral therapy could benefit from HIV-1 DNA resistance genotyping for exploring virological failure with low viral load or to guide treatment simplification. Few new generation sequencing data are available. OBJECTIVE To check that the automated deep sequencing Sentosa platform (Vela DX) detected minority resistant variants well enough for HIV DNA genotyping. STUDY DESIGN We evaluated the Sentosa SQ HIV genotyping assay with automated extraction on 40 DNA longitudinal samples from treatment-experienced patients by comparison with Sanger sequencing. HIV drug resistance was interpreted using the ANRS algorithm (v29) at the threshold of 20 % and 3 %. RESULTS The Sentosa SQ HIV genotyping assay was 100 % successful to amplify and sequence PR and RT and 86 % to amplify and sequence IN when the HIV DNA load was >2.5 log copies/million cells. The Sentosa and Sanger sequencing were concordant for predicting PR-RT resistance at the threshold of 20 % in 14/18 samples successfully sequenced. A higher level of resistance was predicted by Sentosa in three samples and by Sanger in one sample. The prevalence of resistance was 7 % to PI, 59 % to NRTI, 31 % to NNRTI and 20 % to integrase inhibitors using the Sentosa SQ genotyping assay at the threshold of 3 %. Seven additional mutations <20 % were detected using the Sentosa assay. CONCLUSION Automated DNA extraction and sequencing using the Sentosa SQ HIV genotyping assay accurately predicted HIV DNA drug resistance by comparison with Sanger. Prospective studies are needed to evaluate the clinical interest of HIV DNA genotyping.

中文翻译：

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Vela Dx Sentosa下一代测序系统对HIV-1 DNA基因型抗性的性能评估。

背景技术接受抗逆转录病毒治疗的患者可从HIV-1 DNA抗性基因分型中受益，以探索低病毒载量的病毒学衰竭或指导简化治疗。很少有新一代测序数据可用。目的要检查自动深度测序圣淘沙平台（Vela DX）是否能很好地检测出少数抗性变异体，以进行HIV DNA基因分型。研究设计我们评估了圣淘沙SQ HIV基因分型检测方法，并通过自动提取与Sanger测序相比较的方法，对来自治疗经验丰富的患者的40个DNA纵向样品进行了提取。使用ANRS算法（v29）在20％和3％的阈值下解释了HIV耐药性。结果Sentosa SQ HIV基因分型试验在HIV DNA载量> 2时成功完成了PR和RT的扩增和测序，成功完成了86％的PR和RT测序。5个日志副本/百万个单元格。Sentosa和Sanger测序可以一致地预测成功测序的14/18样品中PR-RT耐药性在20％的阈值。圣淘沙（Sentosa）预测了三个样本，而桑格（Sanger）预测了一个样本，其抗药性更高。使用圣淘沙SQ基因分型测定法在3％的阈值下，对PI的耐药率为7％，对NRTI的耐药率为59％，对NNRTI的耐药率为31％，对整合酶抑制剂的耐药率为20％。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。Sentosa和Sanger测序可以一致地预测成功测序的14/18样品中PR-RT耐药性在20％的阈值。圣淘沙（Sentosa）在三个样品中预测出更高的抗药性，桑格（Sanger）在一个样品中预测出更高的抗药性。使用圣淘沙SQ基因分型测定法在3％的阈值下，对PI的耐药率为7％，对NRTI的耐药率为59％，对NNRTI的耐药率为31％，对整合酶抑制剂的耐药率为20％。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。Sentosa和Sanger测序可以一致地预测成功测序的14/18样品中PR-RT耐药性在20％的阈值。圣淘沙（Sentosa）预测了三个样本，而桑格（Sanger）预测了一个样本，其抗药性更高。使用圣淘沙SQ基因分型测定法在3％的阈值下，对PI的耐药率为7％，对NRTI的耐药率为59％，对NNRTI的耐药率为31％，对整合酶抑制剂的耐药率为20％。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。圣淘沙（Sentosa）预测了三个样本，而桑格（Sanger）预测了一个样本，其抗药性更高。使用圣淘沙SQ基因分型测定法在3％的阈值下，对PI的耐药率为7％，对NRTI的耐药率为59％，对NNRTI的耐药率为31％，对整合酶抑制剂的耐药率为20％。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。圣淘沙（Sentosa）预测了三个样本，而桑格（Sanger）预测了一个样本，其抗药性更高。使用圣淘沙SQ基因分型测定法在3％的阈值下，对PI的耐药率为7％，对NRTI的耐药率为59％，对NNRTI的耐药率为31％，对整合酶抑制剂的耐药率为20％。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。使用圣淘沙（Sentosa）分析检测到另外七个<20％的突变。结论使用圣淘沙SQ HIV基因分型测定法进行的DNA自动提取和测序与Sanger相比可准确预测HIV DNA耐药性。需要进行前瞻性研究来评估HIV DNA基因分型的临床兴趣。