Studies have demonstrated that pervasive gene tree conflict underlies several important phylogenetic relationships where different species tree methods produce conflicting results. Here, we present a means of dissecting the phylogenetic signal for alternative resolutions within a dataset in order to resolve recalcitrant relationships and, importantly, identify what the dataset is unable to resolve. These procedures extend upon methods for isolating conflict and concordance involving specific candidate relationships and can be used to identify systematic error and disambiguate sources of conflict among species tree inference methods. We demonstrate these on a large phylogenomic plant dataset. Our results support the placement of Amborella as sister to the remaining extant angiosperms, Gnetales as sister to pines, and the monophyly of extant gymnosperms. Several other contentious relationships, including the resolution of relationships within the bryophytes and the eudicots, remain uncertain given the low number of supporting gene trees. To address whether concatenation of filtered genes amplified phylogenetic signal for relationships, we implemented a combinatorial heuristic to test combinability of genes. We found that nested conflicts limited the ability of data filtering methods to fully ameliorate conflicting signal amongst gene trees. These analyses confirmed that the underlying conflicting signal does not support broad concatenation of genes. Our approach provides a means of dissecting a specific dataset to address deep phylogenetic relationships while also identifying the inferential boundaries of the dataset.

中文翻译：

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植物中的系统发育冲突、组合性和深层系统发育

研究表明，普遍存在的基因树冲突是几种重要的系统发育关系的基础，其中不同的物种树方法会产生相互矛盾的结果。在这里，我们提出了一种解剖系统发育信号的方法，以解决数据集中的替代分辨率，以解决顽固的关系，并且重要的是，确定数据集无法解决的问题。这些程序扩展了用于隔离涉及特定候选关系的冲突和一致性的方法，并可用于识别系统错误和消除物种树推断方法之间冲突的歧义。我们在大型系统发育植物数据集上展示了这些。我们的结果支持将 Amborella 定位为现存被子植物的姐妹，Gnetales 作为松树的姐妹，和现存裸子植物的单一系。鉴于支持基因树的数量很少，其他一些有争议的关系，包括苔藓植物和双子叶植物之间关系的解决，仍然不确定。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。鉴于支持基因树的数量很少，其他一些有争议的关系，包括苔藓植物和双子叶植物之间关系的解决，仍然不确定。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。鉴于支持基因树的数量很少，其他一些有争议的关系，包括苔藓植物和双子叶植物之间关系的解决，仍然不确定。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。鉴于支持基因树的数量很少，包括苔藓植物和真双子叶植物之间关系的解决仍然不确定。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。鉴于支持基因树的数量很少，包括苔藓植物和真双子叶植物之间关系的解决仍然不确定。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。为了解决过滤基因的串联是否放大了关系的系统发育信号，我们实施了组合启发式来测试基因的可组合性。我们发现嵌套冲突限制了数据过滤方法完全改善基因树之间冲突信号的能力。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。这些分析证实了潜在的冲突信号不支持基因的广泛串联。我们的方法提供了一种剖析特定数据集以解决深层系统发育关系的方法，同时还确定了数据集的推断边界。