Acquired uniparental disomy (aUPD) leads to homozygosity facilitating identification of monoallelically expressed genes. We analyzed single-nucleotide polymorphism array-based genotyping data of 448 head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) samples from The Cancer Genome Atlas to determine the frequency and distribution of aUPD regions and their association with survival, as well as to gain a better understanding of their influence on the tumor genome. We used expression data from the same dataset to identify differentially expressed genes between groups with and without aUPD. Univariate and multivariable Cox proportional hazards models were performed for survival analysis. We found that 82.14% of HNSCC samples carried aUPD; the most common regions were in chromosome 17p (31.25%), 9p (30.13%), and 9q (27.46%). In univariate analysis, five independent aUPD regions at chromosome 9p, two regions at chromosome 9q, and the CDKN2A region were associated with poor overall survival in all groups, including training and test sets and human papillomavirus (HPV)-negative samples. Forty-three genes in areas of aUPD including PD-L1 and CDKN2A were differentially expressed in samples with aUPD compared to samples without aUPD. In multivariable analysis, aUPD at the CDKN2A region was a significant predictor of overall survival in the whole cohort and in patients with HPV-negative HNSCC. aUPD at specific regions in the genome influences clinical outcomes of HNSCC and may be beneficial for selection of personalized therapy to prolong survival in patients with this disease.

中文翻译：

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获得性单亲二体性的全基因组分析揭示了头颈部鳞状细胞癌的预后因素。

获得性单亲二体性（aUPD）导致纯合性，有助于鉴定单等位基因表达的基因。我们分析了来自The Cancer Genome Atlas的448个头颈鳞状细胞癌（HNSCC）样本的基于单核苷酸多态性阵列的基因分型数据，以确定aUPD区域的频率和分布及其与生存的关系，并获得更好的结果。了解它们对肿瘤基因组的影响。我们使用了来自同一数据集的表达数据来识别有无aUPD的组之间差异表达的基因。使用单变量和多变量Cox比例风险模型进行生存分析。我们发现82.14％的HNSCC样本带有aUPD；最常见的区域是染色体17p（31.25％），9p（30.13％）和9q（27.46％）。在单变量分析中，在所有组中，包括训练和测试集以及人乳头瘤病毒（HPV）阴性样品，在9p染色体上的五个独立的aUPD区域，在9q染色体上的两个区域以及CDKN2A区域均与较差的总体存活率相关。与没有aUPD的样品相比，具有aUPD的样品中aPDD区域中的43个基因（包括PD-L1和CDKN2A）差异表达。在多变量分析中，CDKN2A区的aUPD是整个队列和HPV阴性HNSCC患者总体生存的重要预测指标。基因组中特定区域的aUPD影响HNSCC的临床结果，可能有益于选择个性化疗法以延长该病患者的生存期。CDKN2A区域和CDKN2A区域与所有组的总体存活率低相关，包括训练和测试集以及人乳头瘤病毒（HPV）阴性样品。与没有aUPD的样品相比，具有aUPD的样品中aPDD区域中的43个基因（包括PD-L1和CDKN2A）差异表达。在多变量分析中，CDKN2A区的aUPD是整个队列和HPV阴性HNSCC患者总体生存的重要预测指标。基因组中特定区域的aUPD影响HNSCC的临床结果，可能有益于选择个性化疗法以延长该病患者的生存期。CDKN2A区域和CDKN2A区域与所有组的总体存活率低相关，包括训练和测试集以及人乳头瘤病毒（HPV）阴性样品。与没有aUPD的样品相比，具有aUPD的样品中aPDD区域中的43个基因（包括PD-L1和CDKN2A）差异表达。在多变量分析中，CDKN2A区的aUPD是整个队列和HPV阴性HNSCC患者总体生存的重要预测指标。基因组中特定区域的aUPD影响HNSCC的临床结果，可能有益于选择个性化疗法以延长该病患者的生存期。与没有aUPD的样品相比，具有aUPD的样品中aPDD区域中的43个基因（包括PD-L1和CDKN2A）差异表达。在多变量分析中，CDKN2A区的aUPD是整个队列和HPV阴性HNSCC患者总体生存的重要预测指标。基因组中特定区域的aUPD影响HNSCC的临床结果，可能有益于选择个性化疗法以延长该病患者的生存期。与没有aUPD的样品相比，具有aUPD的样品中aPDD区域中的43个基因（包括PD-L1和CDKN2A）差异表达。在多变量分析中，CDKN2A区的aUPD是整个队列和HPV阴性HNSCC患者总体生存的重要预测指标。基因组中特定区域的aUPD影响HNSCC的临床结果，可能有益于选择个性化疗法以延长该病患者的生存期。