The NucliSENS MiniMAG (Minimag) system from bioMérieux is widely used for extraction of viral RNA from oysters and is included as informative material in the ISO method for quantification of hepatitis A virus (HAV) and norovirus genogroups I and II (GI and GII) in food (ISO 15216-1:2017). However, the system is no longer on sale within the EU and alternative methods are therefore needed. We optimised and evaluated an automated benchtop system for extraction of viral RNA from oysters artificially contaminated with HAV, norovirus GI, norovirus GII and mengovirus, using the same reagents and a similar protocol as with the Minimag method. Using the automated system instead of Minimag increased measured viral concentration by on average 1.3 times, suggesting that the automated system extracts viral RNA more efficiently than Minimag. A drawback with the automated system was that it displayed higher variability in measured concentration for mengovirus. The median viral recovery was 17%, 37%, 44% and 41% for samples extracted with the automated system and 15%, 27%, 34% and 23% for samples extracted with Minimag for HAV, norovirus GI, norovirus GII and mengovirus, respectively. All samples displayed <75% inhibition in RT-qPCR when extracted with the automated system or Minimag. Together, these results suggest that the automated system can be a suitable alternative to Minimag in analysis of HAV, norovirus GI and norovirus GII in oysters. However, verification using naturally contaminated oysters is needed before it can be used for food safety control purposes.

中文翻译：

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从牡蛎中提取病毒RNA的自动化系统的优化和评估。

bioMérieux的NucliSENS MiniMAG（Minimag）系统被广泛用于从牡蛎中提取病毒RNA，并作为ISO方法中定量分析甲型肝炎病毒（HAV）和诺如病毒I和II型基因组（GI和GII）的信息材料。食品（ISO 15216-1：2017）。但是，该系统在欧盟内不再销售，因此需要替代方法。我们使用与Minimag方法相同的试剂和相似的协议，对从人工感染HAV，诺如病毒GI，诺如病毒GII和芒果病毒的牡蛎中提取病毒RNA的自动化台式系统进行了优化和评估。使用自动化系统代替Minimag，可将测得的病毒浓度平均提高1.3倍，这表明自动化系统比Minimag更有效地提取病毒RNA。自动化系统的一个缺点是它在芒果病毒的检测浓度中显示出更高的可变性。用自动系统提取的样品的中值病毒回收率分别为17％，37％，44％和41％，用Minimag提取的HAV，诺如病毒GI，诺如病毒GII和Mengovirus的样本中值病毒回收率分别为15％，27％，34％和23％ ， 分别。用自动系统或Minimag提取时，所有样品在RT-qPCR中均显示出<75％的抑制率。总之，这些结果表明，该自动化系统可以替代Minimag来分析牡蛎中的HAV，诺如病毒GI和诺如病毒GII。但是，在将其用于食品安全控制之前，需要使用自然污染的牡蛎进行验证。用自动系统提取的样品的中值病毒回收率分别为17％，37％，44％和41％，用Minimag提取的HAV，诺如病毒GI，诺如病毒GII和Mengovirus的样本中值病毒回收率分别为15％，27％，34％和23％ ， 分别。用自动系统或Minimag提取时，所有样品在RT-qPCR中均显示出<75％的抑制率。总之，这些结果表明，该自动化系统可以替代Minimag来分析牡蛎中的HAV，诺如病毒GI和诺如病毒GII。但是，在将其用于食品安全控制之前，需要使用自然污染的牡蛎进行验证。用自动系统提取的样品的中值病毒回收率分别为17％，37％，44％和41％，用Minimag提取的HAV，诺如病毒GI，诺如病毒GII和Mengovirus的样本中值病毒回收率分别为15％，27％，34％和23％ ， 分别。用自动系统或Minimag提取时，所有样品在RT-qPCR中均显示出<75％的抑制率。总之，这些结果表明，该自动化系统可以替代Minimag来分析牡蛎中的HAV，诺如病毒GI和诺如病毒GII。但是，在将其用于食品安全控制之前，需要使用自然污染的牡蛎进行验证。用自动系统或Minimag提取时，RT-qPCR抑制75％。总之，这些结果表明，该自动化系统可以替代Minimag来分析牡蛎中的HAV，诺如病毒GI和诺如病毒GII。但是，在将其用于食品安全控制之前，需要使用自然污染的牡蛎进行验证。用自动系统或Minimag提取时，RT-qPCR抑制75％。总之，这些结果表明，该自动化系统可以替代Minimag来分析牡蛎中的HAV，诺如病毒GI和诺如病毒GII。但是，在将其用于食品安全控制之前，需要使用自然污染的牡蛎进行验证。