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Phylogenetic implications of mitogenome rearrangements in East Asian potamiscine freshwater crabs (Brachyura: Potamidae).
Molecular Phylogenetics and Evolution ( IF 3.6 ) Pub Date : 2019-11-04 , DOI: 10.1016/j.ympev.2019.106669 Zhan Zhang 1 , Yuhui Xing 1 , Jiajia Cheng 1 , Da Pan 1 , Linna Lv 1 , Neil Cumberlidge 2 , Hongying Sun 1
Molecular Phylogenetics and Evolution ( IF 3.6 ) Pub Date : 2019-11-04 , DOI: 10.1016/j.ympev.2019.106669 Zhan Zhang 1 , Yuhui Xing 1 , Jiajia Cheng 1 , Da Pan 1 , Linna Lv 1 , Neil Cumberlidge 2 , Hongying Sun 1
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We present here a combined mitogenome gene order dataset totalling 62% of the known genera of East Asian potamiscine freshwater crabs that includes first-time mitogenome data for 14 species and gene order data from 37 other species of potamiscines. A surprisingly high number of mitogenome gene order rearrangements were found in the taxa studied (comprising nine different rearrangements and seven major patterns, one of which has two sub-arrangements). Our phylogenetic reconstructions indicate that the mitogenome gene order rearrangements are associated with the evolutionary history of potamiscine lineages. We also used a new Event-based Maximum Parsimony method to reconstruct ancestral gene orders, which takes into consideration gene duplication, pseudogeneticization, and tandem duplication random loss. Furthermore, shared mitogenome gene order patterns were used to inform the taxonomic placement of Sinopotamon parvum, and the cryptic diversity in Potamiscus. The remarkably frequent mitogenome rearrangements in potamiscine freshwater crabs have great potential to contribute to our understanding of the evolutionary history of these highly diverse decapods in East Asia.
中文翻译：
在东亚波塔米森淡水蟹（Brachyura：Potamidae）中，有丝分裂基因组重排的系统发生学意义。
我们在这里介绍一个组合的有丝分裂基因组基因顺序数据集，总计占东亚波塔米森淡水蟹已知属的62％，其中包括14种的首次有丝分裂基因组数据和其他37种波塔米斯坦的基因有序数据。在所研究的分类单元中发现了惊人数量的有丝分裂基因组基因重排（包含九种不同的重排和七种主要模式，其中一种具有两个亚型）。我们的系统发育重建表明，有丝分裂基因序列的重排与波他米辛谱系的进化历史有关。我们还使用了一种新的基于事件的最大简约方法来重构祖先的基因顺序，该方法考虑了基因重复，假遗传和串联重复随机丢失。此外，共有的有丝分裂基因组的基因顺序模式被用来告知小菜盘菌的分类学位置，以及波塔米酵母的隐性多样性。在波塔米森淡水蟹中频繁发生的有丝分裂基因组重排具有巨大的潜力，有助于我们了解东亚这些高度多样化的十足动物的进化历史。
更新日期：2019-11-04
中文翻译：
在东亚波塔米森淡水蟹（Brachyura：Potamidae）中，有丝分裂基因组重排的系统发生学意义。
我们在这里介绍一个组合的有丝分裂基因组基因顺序数据集，总计占东亚波塔米森淡水蟹已知属的62％，其中包括14种的首次有丝分裂基因组数据和其他37种波塔米斯坦的基因有序数据。在所研究的分类单元中发现了惊人数量的有丝分裂基因组基因重排（包含九种不同的重排和七种主要模式，其中一种具有两个亚型）。我们的系统发育重建表明，有丝分裂基因序列的重排与波他米辛谱系的进化历史有关。我们还使用了一种新的基于事件的最大简约方法来重构祖先的基因顺序，该方法考虑了基因重复，假遗传和串联重复随机丢失。此外，共有的有丝分裂基因组的基因顺序模式被用来告知小菜盘菌的分类学位置，以及波塔米酵母的隐性多样性。在波塔米森淡水蟹中频繁发生的有丝分裂基因组重排具有巨大的潜力，有助于我们了解东亚这些高度多样化的十足动物的进化历史。
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