Multigene and genomic data sets have become commonplace in the field of phylogenetics, but many existing tools are not designed for such data sets, which often makes the analysis time-consuming and tedious. Here, we present PhyloSuite, a (cross-platform, open-source, stand-alone Python graphical user interface) user-friendly workflow desktop platform dedicated to streamlining molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. It uses a plugin-based system that integrates several phylogenetic and bioinformatic tools, thereby streamlining the entire procedure, from data acquisition to phylogenetic tree annotation (in combination with iTOL). It has the following features: (a) point-and-click and drag-and-drop graphical user interface; (b) a workplace to manage and organize molecular sequence data and results of analyses; (c) GenBank entry extraction and comparative statistics; and (d) a phylogenetic workflow with batch processing capability, comprising sequence alignment (mafft and macse), alignment optimization (trimAl, HmmCleaner and Gblocks), data set concatenation, best partitioning scheme and best evolutionary model selection (PartitionFinder and modelfinder), and phylogenetic inference (MrBayes and iq-tree). PhyloSuite is designed for both beginners and experienced researchers, allowing the former to quick-start their way into phylogenetic analysis, and the latter to conduct, store and manage their work in a streamlined way, and spend more time investigating scientific questions instead of wasting it on transferring files from one software program to another.

中文翻译：

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PhyloSuite：一个集成且可扩展的桌面平台，用于简化分子序列数据管理和进化系统发育研究。

多基因和基因组数据集在系统发育学领域已变得司空见惯，但许多现有工具并未针对此类数据集进行设计，这常常使分析既费时又繁琐。在这里，我们介绍PhyloSuite（一个跨平台，开放源代码，独立的Python图形用户界面），用户友好型工作流程桌面平台，致力于简化分子序列数据管理和进化系统进化研究。它使用基于插件的系统，该系统集成了多种系统发育和生物信息学工具，从而简化了从数据获取到系统发育树注释（与iTOL结合）的整个过程。它具有以下功能：（a）单击和拖放图形用户界面；（b）管理和组织分子序列数据和分析结果的工作场所；（c）GenBank条目提取和比较统计；（d）具有批处理能力的系统发育工作流，包括序列比对（mafft和macse），比对优化（trimAl，HmmCleaner和Gblocks），数据集级联，最佳分区方案和最佳进化模型选择（PartitionFinder和modelfinder），以及系统发生推断（MrBayes和iq-tree）。PhyloSuite专为初学者和经验丰富的研究人员而设计，使前者可以快速开始系统发育分析，后者可以以简化的方式进行，存储和管理其工作，并花更多时间研究科学问题而不是浪费时间。将文件从一个软件程序传输到另一软件程序。（d）具有批处理能力的系统发育工作流，包括序列比对（mafft和macse），比对优化（trimAl，HmmCleaner和Gblocks），数据集级联，最佳分区方案和最佳进化模型选择（PartitionFinder和modelfinder），以及系统发生推断（MrBayes和iq-tree）。PhyloSuite专为初学者和经验丰富的研究人员而设计，使前者可以快速开始系统发育分析，后者可以以简化的方式进行，存储和管理其工作，并花更多时间研究科学问题而不是浪费时间。将文件从一个软件程序传输到另一软件程序。（d）具有批处理能力的系统发育工作流，包括序列比对（mafft和macse），比对优化（trimAl，HmmCleaner和Gblocks），数据集级联，最佳分区方案和最佳进化模型选择（PartitionFinder和modelfinder），以及系统发生推断（MrBayes和iq-tree）。PhyloSuite专为初学者和经验丰富的研究人员而设计，使前者可以快速开始系统发育分析，后者可以以简化的方式进行，存储和管理其工作，并花更多时间研究科学问题而不是浪费时间。将文件从一个软件程序传输到另一软件程序。最佳分区方案和最佳进化模型选择（PartitionFinder和Modelfinder），以及系统发育推断（MrBayes和iq-tree）。PhyloSuite专为初学者和经验丰富的研究人员而设计，使前者可以快速开始系统发育分析，后者可以以简化的方式进行，存储和管理其工作，并花更多时间研究科学问题而不是浪费时间。将文件从一个软件程序传输到另一软件程序。最佳分区方案和最佳进化模型选择（PartitionFinder和Modelfinder），以及系统发育推断（MrBayes和iq-tree）。PhyloSuite专为初学者和经验丰富的研究人员而设计，使前者可以快速开始系统发育分析，后者可以以简化的方式进行，存储和管理其工作，并花更多时间研究科学问题而不是浪费时间。将文件从一个软件程序传输到另一软件程序。