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Comparison and analysis of lncRNA-mediated ceRNA regulation in different molecular subtypes of glioblastoma.
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2019-12-02 , DOI: 10.1039/c9mo00126c Qianpeng Li 1 , Qiuhong Yu , Jianghuai Ji , Peng Wang , Dongguo Li
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2019-12-02 , DOI: 10.1039/c9mo00126c Qianpeng Li 1 , Qiuhong Yu , Jianghuai Ji , Peng Wang , Dongguo Li
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Glioblastoma multiforme (GBM) is the most malignant brain tumor with a poor prognosis. A molecular level classification of GBM can provide insight into accurate patient-specific treatment. Competitive endogenous RNAs (ceRNAs), such as long non-coding RNAs (lncRNAs), play an essential role in the development of tumors and are associated with survival. However, the pattern of lncRNA-mediated ceRNA (LMce) crosstalk in different GBM subtypes is still unclear. In this study, we present a computational cascade to construct LMce networks of different GBM subtypes and investigate the lncRNA-mRNA regulations among them. Our results showed that although most lncRNAs and mRNAs in the different GBM subtype networks were the same, the regulation relationships of these RNAs were different among subtypes. 42.5%, 50.9%, 43.5% and 65.0% lncRNA-mRNA regulatory pairs were classic (CL)-, mesenchymal (MES)-, proneural (PN)- and neural (NE)-specific. In addition, our study identified 61, 132, 24 and 16 modules in which lncRNAs and mRNAs synergically competed with each other for miRNAs as CL-, MES-, PN- and NE-specific. CL- and MES-specific modules were mainly involved in biological functions such as cell proliferation, apoptosis and migration, while PN- and NE-specific modules were mainly related to DNA damage and cell cycle dysregulation. Survival analysis demonstrated that some modules could be potential prognostic markers of patients of CL and MES subtypes. This study uncovered the LMce interaction patterns in different GBM subtypes, identified subtype-specific modules with distinct biological functions, and revealed the potential prognostic markers of patients of different GBM subtypes. These results might contribute to the discovery of the GBM prognostic biomarkers and development of a more accurate therapeutic process.
中文翻译：
胶质母细胞瘤不同分子亚型中lncRNA介导的ceRNA调控的比较和分析。
多形胶质母细胞瘤（GBM）是最恶性的脑肿瘤，预后较差。GBM的分子水平分类可以提供对特定患者的准确治疗的见识。竞争性内源性RNA（ceRNA），例如长的非编码RNA（lncRNA），在肿瘤的发展中起着至关重要的作用，并与生存有关。但是，尚不清楚在不同的GBM亚型中lncRNA介导的ceRNA（LMce）串扰的模式。在这项研究中，我们提出了一个计算级联来构建不同GBM亚型的LMce网络，并研究其中的lncRNA-mRNA调控。我们的结果表明，尽管在不同GBM亚型网络中大多数lncRNA和mRNA是相同的，但是这些RNA在不同亚型中的调控关系是不同的。42.5％，50.9％，43.5％和65。0％lncRNA-mRNA调节对是经典（CL）-，间充质（MES）-，前神经（PN）-和神经（NE）特异性的。另外，我们的研究确定了61、132、24和16个模块，其中lncRNA和mRNA相互竞争竞争CL-，MES-，PN-和NE特异的miRNA。CL和MES特定模块主要涉及生物学功能，例如细胞增殖，凋亡和迁移，而PN和NE特定模块主要与DNA损伤和细胞周期失调有关。生存分析表明，某些模块可能是CL和MES亚型患者的潜在预后标志物。这项研究揭示了不同GBM亚型中的LMce相互作用模式，确定了具有不同生物学功能的亚型特异性模块，并揭示了不同GBM亚型患者的潜在预后指标。这些结果可能有助于发现GBM预后生物标志物和开发更准确的治疗过程。
更新日期：2019-12-29
中文翻译：
胶质母细胞瘤不同分子亚型中lncRNA介导的ceRNA调控的比较和分析。
多形胶质母细胞瘤（GBM）是最恶性的脑肿瘤，预后较差。GBM的分子水平分类可以提供对特定患者的准确治疗的见识。竞争性内源性RNA（ceRNA），例如长的非编码RNA（lncRNA），在肿瘤的发展中起着至关重要的作用，并与生存有关。但是，尚不清楚在不同的GBM亚型中lncRNA介导的ceRNA（LMce）串扰的模式。在这项研究中，我们提出了一个计算级联来构建不同GBM亚型的LMce网络，并研究其中的lncRNA-mRNA调控。我们的结果表明，尽管在不同GBM亚型网络中大多数lncRNA和mRNA是相同的，但是这些RNA在不同亚型中的调控关系是不同的。42.5％，50.9％，43.5％和65。0％lncRNA-mRNA调节对是经典（CL）-，间充质（MES）-，前神经（PN）-和神经（NE）特异性的。另外，我们的研究确定了61、132、24和16个模块，其中lncRNA和mRNA相互竞争竞争CL-，MES-，PN-和NE特异的miRNA。CL和MES特定模块主要涉及生物学功能，例如细胞增殖，凋亡和迁移，而PN和NE特定模块主要与DNA损伤和细胞周期失调有关。生存分析表明，某些模块可能是CL和MES亚型患者的潜在预后标志物。这项研究揭示了不同GBM亚型中的LMce相互作用模式，确定了具有不同生物学功能的亚型特异性模块，并揭示了不同GBM亚型患者的潜在预后指标。这些结果可能有助于发现GBM预后生物标志物和开发更准确的治疗过程。
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