GMrepo (data repository for Gut Microbiota) is a database of curated and consistently annotated human gut metagenomes. Its main purpose is to facilitate the reusability and accessibility of the rapidly growing human metagenomic data. This is achieved by consistently annotating the microbial contents of collected samples using state-of-art toolsets and by manual curation of the meta-data of the corresponding human hosts. GMrepo organizes the collected samples according to their associated phenotypes and includes all possible related meta-data such as age, sex, country, body-mass-index (BMI) and recent antibiotics usage. To make relevant information easier to access, GMrepo is equipped with a graphical query builder, enabling users to make customized, complex and biologically relevant queries. For example, to find (1) samples from healthy individuals of 18 to 25 years old with BMIs between 18.5 and 24.9, or (2) projects that are related to colorectal neoplasms, with each containing >100 samples and both patients and healthy controls. Precomputed species/genus relative abundances, prevalence within and across phenotypes, and pairwise co-occurrence information are all available at the website and accessible through programmable interfaces. So far, GMrepo contains 58 903 human gut samples/runs (including 17 618 metagenomes and 41 285 amplicons) from 253 projects concerning 92 phenotypes. GMrepo is freely available at: https://gmrepo.humangut.info.

中文翻译：

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GMrepo：精选和一致注释的人类肠道元基因组数据库。

GMrepo（肠道微生物群的数据存储库）是一个经过整理且始终带有注释的人类肠道元基因组的数据库。其主要目的是促进快速增长的人类宏基因组学数据的可重用性和可访问性。这可以通过使用最新的工具集一致地注释所收集样品的微生物含量，以及通过手动管理相应人类宿主的元数据来实现。GMrepo根据相关的表型组织收集的样本，并包括所有可能的相关元数据，例如年龄，性别，国家，身体质量指数（BMI）和最近使用的抗生素。为了使相关信息更易于访问，GMrepo配备了图形查询生成器，使用户可以进行自定义，复杂且生物学相关的查询。例如，寻找（1）18至25岁健康个体的BMI在18.5至24.9之间的样本，或（2）与大肠肿瘤相关的项目，每个项目都包含100多个样本，并且患者和健康对照组均如此。预先计算的物种/属相对丰度，表型内和跨表型的流行率以及成对共现信息都可以在网站上找到，并可以通过可编程界面访问。到目前为止，GMrepo包含来自253个涉及92个表型的项目的58903个人类肠道样本/运行（包括17618个元基因组和41285个扩增子）。GMrepo可从以下网址免费获得：https：//gmrepo.humangut.info。预先计算的物种/属相对丰度，表型内和跨表型的流行率以及成对共现信息都可以在网站上找到，并可以通过可编程界面访问。到目前为止，GMrepo包含来自253个涉及92个表型的项目的58903个人类肠道样本/运行（包括17618个元基因组和41285个扩增子）。GMrepo可从以下网址免费获得：https：//gmrepo.humangut.info。预先计算的物种/属相对丰度，表型内和跨表型的流行率以及成对共现信息都可以在网站上获得，并可以通过可编程界面访问。到目前为止，GMrepo包含来自253个涉及92个表型的项目的58903个人类肠道样本/运行（包括17618个元基因组和41285个扩增子）。GMrepo可从以下网址免费获得：https：//gmrepo.humangut.info。