Intrinsically disordered protein regions may fold upon binding to an interaction partner. It is often argued that such coupled binding and folding enables the combination of high specificity with low affinity. The basic tenet is that an unfavorable folding equilibrium will make the overall binding weaker while maintaining the interaction interface. While theoretically solid, we argue that this concept may be misleading for intrinsically disordered proteins. In fact, experimental evidence suggests that interactions of disordered regions usually involve extended conformations. In such cases, the disordered region is exceptionally unlikely to fold into a bound conformation in the absence of its binding partner. Instead, these disordered regions can bind to their partners in multiple different conformations and then fold into the native bound complex, thus, if anything, increasing the affinity through folding. We concede that (de)stabilization of native structural elements such as helices will modulate affinity, but this could work both ways, decreasing or increasing the stability of the complex. Moreover, experimental data show that intrinsically disordered binding regions display a range of affinities and specificities dictated by the particular side chains and length of the disordered region and not necessarily by the fact that they are disordered. We find it more likely that intrinsically disordered regions are common in protein-protein interactions because they increase the repertoire of binding partners, providing an accessible route to evolve interactions rather than providing a stability-affinity trade-off.

中文翻译：

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结合结合和折叠反应的亲和力与特异性。

本质上无序的蛋白质区域在与相互作用伴侣结合后可能会折叠。经常有人争辩说，这种结合的结合和折叠能够实现高特异性和低亲和力的组合。基本原则是不利的折叠平衡将使整体结合变弱，同时保持相互作用的界面。尽管从理论上讲是可靠的，但我们认为此概念可能对本质上无序的蛋白质产生误导。实际上，实验证据表明，无序区域的相互作用通常涉及延伸的构象。在这种情况下，在缺乏结合伴侣的情况下，无序区域极不可能折叠成结合的构象。相反，这些无序区域可以以多种不同的构象与其伴侣结合，然后折叠成天然的结合复合物，因此，如果有的话，可以通过折叠来增加亲和力。我们认为，天然结构元素（例如螺旋）的（去）稳定化将调节亲和力，但这可能同时起作用，从而降低或增加了复合物的稳定性。此外，实验数据表明，固有的无序结合区显示出由亲和力和特异性决定的亲和力和范围，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。我们认为，天然结构元素（例如螺旋）的（去）稳定化将调节亲和力，但这可能同时起作用，从而降低或增加了复合物的稳定性。此外，实验数据表明，固有的无序结合区显示出由亲和力和特异性决定的亲和力和范围，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。我们认为，天然结构元素（例如螺旋）的（去）稳定化将调节亲和力，但这可能同时起作用，从而降低或增加了复合物的稳定性。此外，实验数据表明，固有的无序结合区显示出由亲和力和特异性决定的亲和力和范围，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。降低或增加复合物的稳定性。此外，实验数据表明，固有的无序结合区显示出由亲和力和特异性决定的亲和力和范围，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。降低或增加复合物的稳定性。此外，实验数据表明，固有的无序结合区显示出由亲和力和特异性决定的亲和力和范围，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。实验数据表明，内在无序的结合区显示出一定的亲和力和特异性，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。实验数据表明，内在无序的结合区显示出一定的亲和力和特异性，这些亲和力和特异性由无序区的特定侧链和长度决定，而不一定由它们无序的事实决定。我们发现内在无序区域更可能在蛋白质-蛋白质相互作用中很常见，因为它们增加了结合伴侣的库，提供了发展相互作用的可及途径，而不是提供稳定性-亲和力的折衷。