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Targeting a viral DNA sequence with a deoxyribozyme in a preparative scale.
Biochimie ( IF 3.3 ) Pub Date : 2019-08-01 , DOI: 10.1016/j.biochi.2019.07.022 Parisa Dastjerdi-Khorzoghi 1 , Fatemeh Javadi-Zarnaghi 1 , Zohreh Hojati 1
Biochimie ( IF 3.3 ) Pub Date : 2019-08-01 , DOI: 10.1016/j.biochi.2019.07.022 Parisa Dastjerdi-Khorzoghi 1 , Fatemeh Javadi-Zarnaghi 1 , Zohreh Hojati 1
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Deoxyribozymes are synthetic and single stranded DNAs that are capable of catalysis of a variety of reactions, including cleavage of DNA substrates. Deoxyribozymes are usually characterized by analytical single-turnover kinetic assays, however, for many applications e.g. characterization of the reaction products, semi-preparative and preparative reactions are required. At such scales, there is a lack of comprehensive analysis and conditions that supports high amount of products in an appropriate time-scale are vaguely guessed by researchers. In this report, catalytic activity of an oxidizing DNA-cleaving deoxyribozyme, F-8(X), was comprehensively inspected in semi-preparative (10 μM substrate) scale. A 60 nucleotides long synthetic DNA sequence was selected as the target DNA for this study. The DNA sequence was originated from a single stranded DNA virus. Investigations revealed high yield in the presence of optimal concentration of oxidizing agents. The optimal conditions have been applied for scale-up of the reaction to preparative (40 μM substrate) and multi-turnover reactions to achieve highest amount of product in a cost-, time- and labor-effective manner. Such a comprehensive analysis of a deoxyribozyme's activity in semi-preparative scale provides a platform for expanded applications of DNA catalysts as a tool in chemical biology.
中文翻译：
以制备规模的脱氧核酶靶向病毒DNA序列。
脱氧核酶是合成的单链DNA，能够催化多种反应，包括DNA底物的裂解。脱氧核酶通常通过分析单周动力学分析来表征，但是，对于许多应用（例如反应产物的表征），需要半制备和制备反应。在这样的规模下，缺乏全面的分析，研究人员模糊地猜测在适当的时间范围内支持大量产品的条件。在本报告中，以半制备型（10μM底物）规模全面检查了氧化性DNA裂解脱氧核酶F-8（X）的催化活性。选择60个核苷酸长的合成DNA序列作为该研究的靶DNA。DNA序列起源于单链DNA病毒。研究表明，在存在最佳浓度的氧化剂的情况下，收率很高。最佳条件已应用到放大到制备型（40μM底物）的反应和多周转反应上，从而以节省成本，时间和劳力的方式获得最大量的产品。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。省时省力的方式。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。省时省力的方式。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。
更新日期：2019-08-01
中文翻译：
以制备规模的脱氧核酶靶向病毒DNA序列。
脱氧核酶是合成的单链DNA，能够催化多种反应，包括DNA底物的裂解。脱氧核酶通常通过分析单周动力学分析来表征，但是，对于许多应用（例如反应产物的表征），需要半制备和制备反应。在这样的规模下，缺乏全面的分析，研究人员模糊地猜测在适当的时间范围内支持大量产品的条件。在本报告中，以半制备型（10μM底物）规模全面检查了氧化性DNA裂解脱氧核酶F-8（X）的催化活性。选择60个核苷酸长的合成DNA序列作为该研究的靶DNA。DNA序列起源于单链DNA病毒。研究表明，在存在最佳浓度的氧化剂的情况下，收率很高。最佳条件已应用到放大到制备型（40μM底物）的反应和多周转反应上，从而以节省成本，时间和劳力的方式获得最大量的产品。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。省时省力的方式。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。省时省力的方式。半制备规模的脱氧核酶活性的这种全面分析为将DNA催化剂作为化学生物学工具扩展应用提供了平台。
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