BACKGROUND Whole genome sequencing (WGS) of Streptococcus pyogenes linked to invasive disease has been used to identify and investigate outbreaks. The clinical application of WGS in real-time for outbreak control is seldom employed. AIMS A fatal case of bacteraemia at a national orthopaedic hospital prompted an outbreak investigation to identify carriers and halt transmission using real-time WGS. METHODS Retrospective surveillance was conducted to identify patients with Streptococcus pyogenes infections in the last year. Upon contact tracing, four patients and 179 staff were screened for Streptococcus pyogenes carriage. All isolates identified were emm-typed. WGS was performed in real-time on a subset of isolates. FINDINGS Twelve isolates of Streptococcus pyogenes from the index case, two patients and eight staff were identified. Six isolates were emm 1.0, including the index case and five staff isolates. The remaining isolates belonged to distinct emm types. WGS analysis was undertaken on the six emm 1.0 isolates. Five were indistinguishable by single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, with 0 SNP distance, and one had one SNP difference, supporting the hypothesis of recent local transmission. All screen-positive healthcare workers were offered treatment with penicillin or clindamycin. No further cases were identified. CONCLUSION The increased molecular discrimination of WGS confirmed the clustering of these cases and the outbreak was contained. This demonstrates the clinical utility of WGS in managing outbreaks of invasive Streptococcus pyogenes in real-time and we recommend its implementation as a routine clinical service.

中文翻译：

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实时全基因组测序以控制化脓性链球菌在国家骨科医院的爆发。

背景技术与侵袭性疾病相关的化脓链球菌的全基因组测序（WGS）已用于鉴定和调查暴发。很少采用WGS实时用于爆发控制的临床应用。目标在一家国家骨科医院发生的致命菌血症案例促使人们进行了一次暴发调查，以识别携带者并使用实时WGS阻止传播。方法采用回顾性监测，以鉴定化脓性链球菌感染的患者。追踪接触后，对4名患者和179名工作人员进行了化脓性链球菌运输的筛查。鉴定出的所有分离株均为埃姆型。WGS在分离株的子集上实时进行。结果从索引病例中分离出化脓性链球菌的十二个分离株，两名患者和八名工作人员。六个隔离群的emm 1.0，包括索引案例和五个人员隔离群。其余的分离物属于不同的emm类型。对六个emm 1.0分离株进行了WGS分析。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。包括索引案例和五个员工隔离区。其余的分离物属于不同的emm类型。对六个emm 1.0分离株进行了WGS分析。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。包括索引案例和五个员工隔离区。其余的分离物属于不同的emm类型。对六个emm 1.0分离株进行了WGS分析。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。其余的分离物属于不同的emm类型。对六个emm 1.0分离株进行了WGS分析。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。其余的分离物属于不同的emm类型。对六个emm 1.0分离株进行了WGS分析。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。通过单核苷酸多态性（SNP）分析无​​法区分五个，SNP距离为0，一个具有一个SNP差异，支持最近的局部传播的假说。向所有筛查阳性的医护人员提供青霉素或克林霉素治疗。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。没有发现更多病例。结论WGS分子识别力的增强证实了这些病例的聚集，并控制了疫情。这证明了WGS在实时管理化脓性链球菌爆发中的临床实用性，我们建议将其作为常规临床服务实施。