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混合 DNA 样本中 DNA 甲基化数据的计算反卷积
Briefings in Bioinformatics ( IF 9.5 ) Pub Date : 2024-05-19 , DOI: 10.1093/bib/bbae234 Maísa R Ferro dos Santos 1, 2 , Edoardo Giuili 1, 2 , Andries De Koker 1, 2 , Celine Everaert 1, 2 , Katleen De Preter 1, 2
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在这篇综述中，我们全面概述了已发布的用于批量 DNA 甲基化 (DNAm) 数据反卷积的不同计算工具。这里，反卷积是指估计构成混合样本的细胞类型比例。该论文回顾并比较了 2012 年至 2023 年间开发的 25 种反卷积方法（有监督、无监督或混合），并比较了每种方法的优点和局限性。此外，在本研究中，我们描述了用于生成甲基化数据的平台（包括微阵列和测序）、所应用的数据预处理步骤和所使用的参考数据集对反卷积性能的影响。除了基于参考的方法之外，我们还研究了仅需要部分参考数据集或根本不需要参考集的方法。在这篇综述中，我们根据 DNA 甲基化数据类型和数据可用性提供了特定方法的使用指南。
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