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富含亮氨酸的胶质瘤灭活 1 抗体脑炎的异常 DNA 甲基化分析揭示了与预后和临床特征相关的新型甲基化驱动基因
Clinical Epigenetics ( IF 5.7 ) Pub Date : 2023-08-29 , DOI: 10.1186/s13148-023-01550-5
Shan Qiao 1, 2 , Quanye Sun 3 , Haiyun Li 4 , Jie Yin 5 , Aihua Wang 1 , Shanchao Zhang 1, 6
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异常DNA甲基化常见于神经免疫疾病的发病过程中,在各种脑炎亚型中具有临床价值。然而,关于 DNA 甲基化变化对富含亮氨酸的胶质瘤灭活 1 (LGI1) 抗体脑炎发病机制的影响的了解仍然有限。检测了 LGI1 脑炎患者和健康供体 (HD) 血清中总共 44 种细胞因子和 10 种免疫检查点分子 (ICM),以评估它们与临床参数的关联。使用简化代表性亚硫酸氢盐测序 (RRBS) 对 LGI1 脑炎患者和 HD 的外周血单核细胞 (PBMC) 进行全基因组 DNA 甲基化分析,并通过焦磷酸测序验证甲基化状态。通过小 RNA 测序获得血清外泌体中的 MicroRNA 谱。在 PBMC 和培养基中存在或不存在 miR-2467-5p 的情况下评估靶向细胞因子的表达,并通过荧光素酶测定验证 miR-2467-5p 及其靶向基因的结合。LGI1脑炎患者与HD患者的22种细胞因子/趋化因子和6种ICM存在显着差异。PDCD1 减少和 ICAM1 增加可以预测 LGI1 脑炎患者一年随访中的不良预后。通过RRBS,15种细胞因子/趋化因子和ICM在启动子和基因体中呈现DNA甲基化变化,其中5种通过焦磷酸测序验证为甲基化状态,并且CSF3、CCL2和ICAM1的甲基化水平与其在PBMC中的表达相反相关。通过将 RRBS 数据与外泌体衍生的 microRNA 测序相结合,我们发现低甲基化驱动的 hsa-miR-2467-5p 在 LGI1 脑炎的血清外泌体和 PBMC 中表达升高。从机制上讲,miR-2467-5p通过与CSF3和PDCD1的3`UTR结合显着诱导CSF3和PDCD1表达降低,同时增强CCL15表达,但与LGI1脑炎患者外周血CD19 + B细胞比例不显着相关。我们的结果为 LGI1 脑炎的 DNA 甲基化变化、血清外泌体中的 microRNA 图谱提供了令人信服的证据,我们还鉴定了几种与临床特征相关的新型细胞因子,其中一些代表了甲基化驱动模式和 microRNA 调节的表观遗传修饰。我们的研究有助于开发 LGI1 脑炎表观遗传发病机制的治疗方法。



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更新日期:2023-08-29
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