Metagenomics can be used to monitor the spread of antibiotic resistance genes (ARGs). ARGs found in databases such as ResFinder and CARD primarily originate from culturable and pathogenic bacteria, while ARGs from non-culturable and non-pathogenic bacteria remain understudied. Functional metagenomics is based on phenotypic gene selection and can identify ARGs from non-culturable bacteria with a potentially low identity shared with known ARGs. In 2016, the ResFinderFG v1.0 database was created to collect ARGs from functional metagenomics studies. Here, we present the second version of the database, ResFinderFG v2.0, which is available on the Center of Genomic Epidemiology web server (https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/). It comprises 3913 ARGs identified by functional metagenomics from 50 carefully curated datasets. We assessed its potential to detect ARGs in comparison to other popular databases in gut, soil and water (marine + freshwater) Global Microbial Gene Catalogues (https://gmgc.embl.de). ResFinderFG v2.0 allowed for the detection of ARGs that were not detected using other databases. These included ARGs conferring resistance to beta-lactams, cycline, phenicol, glycopeptide/cycloserine and trimethoprim/sulfonamide. Thus, ResFinderFG v2.0 can be used to identify ARGs differing from those found in conventional databases and therefore improve the description of resistomes.

中文翻译：

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ResFinderFG v2.0：通过功能宏基因组获得的抗生素抗性基因数据库

宏基因组学可用于监测抗生素抗性基因（ARG）的传播。ResFinder 和 CARD 等数据库中发现的 ARG 主要源自可培养和致病细菌，而来自不可培养和非致病细菌的 ARG 仍未得到充分研究。功能宏基因组学基于表型基因选择，可以从不可培养细菌中识别 ARG，且与已知 ARG 的同一性可能较低。2016 年，创建了 ResFinderFG v1.0 数据库，用于从功能宏基因组研究中收集 ARG。在这里，我们介绍数据库的第二个版本，ResFinderFG v2.0，可在基因组流行病学中心网络服务器 (https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/) 上获取。它包含通过功能宏基因组学从 50 个精心策划的数据集中识别出的 3913 个 ARG。我们与肠道、土壤和水（海洋+淡水）全球微生物基因目录 (https://gmgc.embl.de) 中的其他流行数据库相比，评估了其检测 ARG 的潜力。ResFinderFG v2.0 允许检测使用其他数据库未检测到的 ARG。这些包括赋予β-内酰胺、环素、苯酚、糖肽/环丝氨酸和甲氧苄啶/磺酰胺抗性的ARG。因此，ResFinderFG v2.0 可用于识别与传统数据库中发现的 ARG 不同的 ARG，从而改进抗性组的描述。这些包括赋予β-内酰胺、环素、苯酚、糖肽/环丝氨酸和甲氧苄啶/磺酰胺抗性的ARG。因此，ResFinderFG v2.0 可用于识别与传统数据库中发现的 ARG 不同的 ARG，从而改进抗性组的描述。这些包括赋予β-内酰胺、环素、苯酚、糖肽/环丝氨酸和甲氧苄啶/磺酰胺抗性的ARG。因此，ResFinderFG v2.0 可用于识别与传统数据库中发现的 ARG 不同的 ARG，从而改进抗性组的描述。