Fruit size is an important external indicator of apple quality. However, fruit-size breeding is complicated because multiple factors, including cultivar management, plant hormones and genetic factors, influence the final fruit size. Genetic factors are the most fundamental determinants of fruit size, mainly through cell division and expansion. Hence, the genes involved in regulation of cell development and plant hormone signalling are important regulators of fruit size. This work presents a dense genetic linkage map constructed using a 'Golden Delicious' × 'Fuji' population. Two algorithms: Kruskal-Wallis (KW) and Interval Mapping (IM) was used to identify the quantitative trait loci (QTL) for fruit size. Several size QTLs were detected, generating three genomic regions for fruit size and analysing the biological functions revealed 339 genes from the three regions as possible candidate genes controlling apple fruit size. Meanwhile, the transcriptome profiles of fruit flesh between large (LF) and small fruits (SF) at 30 and 60 days after full bloom (DAFB) revealed 2635 and 3922 DEGs at 30 DAFB and 60 DAFB, respectively. The 339 genes identified by QTL-Mapping revealed 41 DEGs, with 23 genes at both 30 and 60 DAFB (five genes in common), as the final candidate genes controlling fruit size. These results maybe reveal the molecular regulation mechanism of fruit size and provide basic evidence for developing gene markers for apple breeding.

果实大小是苹果品质的重要外在指标。然而，果实大小育种很复杂，因为品种管理、植物激素和遗传因素等多种因素都会影响最终果实大小。遗传因素是果实大小的最基本决定因素，主要通过细胞分裂和膨胀。因此，参与调节细胞发育和植物激素信号的基因是果实大小的重要调节因子。这项工作展示了使用“金冠”ד富士”种群构建的密集遗传连锁图谱。两种算法：Kruskal-Wallis (KW) 和区间作图 (IM) 用于识别果实大小的数量性状位点 (QTL)。检测到几个大小的 QTL，为果实大小生成了三个基因组区域并分析了生物学功能，揭示了来自这三个区域的 339 个基因可能是控制苹果果实大小的候选基因。同时，在盛花后 30 天和 60 天 (DAFB)，大果 (LF) 和小果 (SF) 之间的果肉转录组谱显示，在 30 DAFB 和 60 DAFB 时分别有 2635 和 3922 DEG。QTL-Mapping 鉴定的 339 个基因揭示了 41 个 DEG，其中 23 个基因在 30 和 60 DAFB（共有 5 个基因），作为最终控制果实大小的候选基因。这些结果可能揭示果实大小的分子调控机制，为开发苹果育种基因标记提供基础依据。在盛花后 30 天和 60 天 (DAFB)，大果 (LF) 和小果 (SF) 之间果肉的转录组谱显示，在 30 DAFB 和 60 DAFB 时分别有 2635 和 3922 DEG。QTL-Mapping 鉴定的 339 个基因揭示了 41 个 DEG，其中 23 个基因在 30 和 60 DAFB（共有 5 个基因），作为最终控制果实大小的候选基因。这些结果可能揭示果实大小的分子调控机制，为开发苹果育种基因标记提供基础依据。在盛花后 30 天和 60 天 (DAFB)，大果 (LF) 和小果 (SF) 之间果肉的转录组谱显示，在 30 DAFB 和 60 DAFB 时分别有 2635 和 3922 DEG。QTL-Mapping 鉴定的 339 个基因揭示了 41 个 DEG，其中 23 个基因在 30 和 60 DAFB（共有 5 个基因），作为最终控制果实大小的候选基因。这些结果可能揭示果实大小的分子调控机制，为开发苹果育种基因标记提供基础依据。