Fruit color is an important horticultural trait, which greatly affects consumer preferences. In tomato, fruit color is determined by the accumulation of different pigments, such as carotenoids in the pericarp and flavonoids in the peel, along with the degradation of chlorophyll during fruit ripening. Since fruit color is a multigenic trait, it takes years to introgress all color-related genes in a single genetic background via traditional cross-breeding, and the avoidance of linkage drag during this process is difficult. Here, we proposed a rapid breeding strategy to generate tomato lines with different colored fruits from red-fruited materials by CRISPR/Cas9-mediated multiplex gene editing of three fruit color-related genes (PSY1, MYB12, and SGR1). Using this strategy, the red-fruited cultivar Alisa Craig has been engineered to a series of tomato genotypes with different fruit colors, including yellow, brown, pink, light-yellow, pink-brown, yellow-green, and light green. Compared to traditional cross-breeding, this strategy requires less time and can obtain transgene-free plants with different colored fruits in less than one year. Most importantly, it does not alter other important agronomic traits like yield and fruit quality. Our strategy has great practical potential for tomato breeding and serves as a reference for improving multigene-controlled traits of horticultural crops.

中文翻译：

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通过 CRISPR/Cas9 介导的多重基因编辑对番茄果实重新着色

果实颜色是重要的园艺性状，极大地影响着消费者的喜好。在番茄中，果实颜色取决于不同色素的积累，例如果皮中的类胡萝卜素和果皮中的类黄酮，以及果实成熟过程中叶绿素的降解。由于果实颜色是一种多基因性状，通过传统的杂交育种需要数年时间才能将所有与颜色相关的基因渗入到单一遗传背景中，并且在此过程中很难避免连锁拖累。在这里，我们提出了一种快速育种策略，通过 CRISPR/Cas9 介导的三种果实颜色相关基因（PSY1、MYB12 和 SGR1）的多重基因编辑，从红色果实材料中生成具有不同颜色果实的番茄品系。使用这个策略，红色果实品种 Alisa Craig 已被设计成一系列具有不同果实颜色的番茄基因型，包括黄色、棕色、粉红色、浅黄色、粉红色-棕色、黄绿色和浅绿色。与传统的杂交育种相比，该策略需要的时间更短，并且可以在不到一年的时间内获得具有不同颜色果实的无转基因植物。最重要的是，它不会改变其他重要的农艺性状，如产量和果实品质。我们的策略在番茄育种方面具有巨大的实践潜力，可为改善园艺作物的多基因控制性状提供参考。该策略需要的时间更短，并且可以在不到一年的时间内获得具有不同颜色果实的无转基因植物。最重要的是，它不会改变其他重要的农艺性状，如产量和果实品质。我们的策略在番茄育种方面具有巨大的实践潜力，可为改善园艺作物的多基因控制性状提供参考。该策略需要的时间更短，并且可以在不到一年的时间内获得具有不同颜色果实的无转基因植物。最重要的是，它不会改变其他重要的农艺性状，如产量和果实品质。我们的策略在番茄育种方面具有巨大的实践潜力，可为改善园艺作物的多基因控制性状提供参考。