Abstract

With the widely application of liquid biopsy and the development of detection technology, the standardization of pre-analysis procedures is necessary. For controlling pre-analysis variation of circulating tumor DNA (ctDNA) in blood samples, the blood collection tubes for ctDNA preservation particularly contribute a lot. The objective of this study was to investigate whether ImproGene® Cell Free DNA Tube (ImproGene tube) can be used in sample collection, preservation and NGS based mutation detection for ctDNA. We investigated hemolysis and cell free DNA (cfDNA) concentration of blood samples stored in ImproGene tubes and detected β-actin, LINE1 and exogenous gene level by qPCR. We compared cfDNA and RNA quantity between samples in ImproGene tube and Streck Cell-Free DNA BCT® (Streck tube). And 10 gene mutations and three fusion mutations analysis were compared by sequencing. When stored at room temperature within 7 days in ImproGene tubes, blood samples had no visible hemolysis and the cfDNA concentration, levels of β-actin, LINE1 and exogenous gene remained stable which means no genomic DNA release and cfDNA was protected. There was no significant difference in cfDNA and RNA quantity between ImproGene tubes and Streck tubes. Furthermore, based on this limited data set, ImproGene tubes showed increased detection rates of low-level mutations. Therefore, ImproGene Cell Free DNA Tubes may have promising applications in sample collection, preservation and NGS based mutation detection for ctDNA by its good preservation performance.

摘要

随着液体活检的广泛应用和检测技术的发展，预分析程序的标准化是必要的。对于控制血液样本中循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分析前变异，用于保存 ctDNA 的采血管尤为重要。本研究的目的是研究 ImproGene® Cell Free DNA Tube（ImproGene 管）是否可用于样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测。我们研究了储存在 ImproGene 管中的血液样本的溶血和无细胞 DNA (cfDNA) 浓度，并通过 qPCR 检测了 β-肌动蛋白、LINE1 和外源基因水平。我们比较了 ImproGene 管和 Streck Cell-Free DNA BCT®（Streck 管）中样本之间的 cfDNA 和 RNA 数量。并通过测序比较了10个基因突变和3个融合突变分析。当在 ImproGene 管中于室温下储存 7 天内，血液样本没有可见的溶血，并且 cfDNA 浓度、β-肌动蛋白、LINE1 和外源基因的水平保持稳定，这意味着没有基因组 DNA 释放并且 cfDNA 受到保护。ImproGene 管和 Streck 管之间的 cfDNA 和 RNA 数量没有显着差异。此外，基于这个有限的数据集，ImproGene 管显示出低水平突变的检出率增加。因此，ImproGene Cell Free DNA Tubes 凭借其良好的保存性能，可能在样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测中具有广阔的应用前景。血液样本没有明显的溶血，cfDNA 浓度、β-肌动蛋白、LINE1 和外源基因水平保持稳定，这意味着没有基因组 DNA 释放，cfDNA 受到保护。ImproGene 管和 Streck 管之间的 cfDNA 和 RNA 数量没有显着差异。此外，基于这个有限的数据集，ImproGene 管显示出低水平突变的检出率增加。因此，ImproGene Cell Free DNA Tubes 凭借其良好的保存性能，可能在样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测中具有广阔的应用前景。血液样本没有明显的溶血，cfDNA 浓度、β-肌动蛋白、LINE1 和外源基因水平保持稳定，这意味着没有基因组 DNA 释放，cfDNA 受到保护。ImproGene 管和 Streck 管之间的 cfDNA 和 RNA 数量没有显着差异。此外，基于这个有限的数据集，ImproGene 管显示出低水平突变的检出率增加。因此，ImproGene Cell Free DNA Tubes 凭借其良好的保存性能，可能在样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测中具有广阔的应用前景。ImproGene 管和 Streck 管之间的 cfDNA 和 RNA 数量没有显着差异。此外，基于这个有限的数据集，ImproGene 管显示出低水平突变的检出率增加。因此，ImproGene Cell Free DNA Tubes 凭借其良好的保存性能，可能在样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测中具有广阔的应用前景。ImproGene 管和 Streck 管之间的 cfDNA 和 RNA 数量没有显着差异。此外，基于这个有限的数据集，ImproGene 管显示出低水平突变的检出率增加。因此，ImproGene Cell Free DNA Tubes 凭借其良好的保存性能，可能在样本采集、保存和基于 NGS 的 ctDNA 突变检测中具有广阔的应用前景。