The extracellular matrix (ECM) is a highly dynamic, well-organized acellular network of tissue-specific biomolecules, that can be divided into structural or core ECM proteins and ECM-associated proteins. The ECM serves as a blueprint for organ development and function and, when structurally altered through mutation, altered expression, or degradation, can lead to debilitating syndromes that often affect one tissue more than another. Cross-referencing the FANTOM5 SSTAR (Semantic catalog of Samples, Transcription initiation And Regulators) and the defined catalog of core matrisome ECM (glyco)proteins, we conducted a comprehensive analysis of 511 different human samples to annotate the context-specific transcription of the individual components of the defined matrisome. Relative log expression normalized SSTAR cap analysis gene expression peak data files were downloaded from the FANTOM5 online database and filtered to exclude all cell lines and diseased tissues. Promoter-level expression values were categorized further into eight core tissue systems and three major ECM categories: proteoglycans, glycoproteins, and collagens. Hierarchical clustering and correlation analyses were conducted to identify complex relationships in promoter-driven gene expression activity. Integration of the core matrisome and curated FANTOM5 SSTAR data creates a unique tool that provides insight into the promoter-level expression of ECM-encoding genes in a tissue- and cell-specific manner. Unbiased clustering of cap analysis gene expression peak data reveals unique ECM signatures within defined tissue systems. Correlation analysis among tissue systems exposes both positive and negative correlation of ECM promoters with varying levels of significance. This tool can be used to provide new insight into the relationships between ECM components and tissues and can inform future research on the ECM in human disease and development. We invite the matrix biology community to continue to explore and discuss this dataset as part of a larger and continuing conversation about the human ECM. An interactive web tool can be found at matrixpromoterome.github.io along with additional resources that can be found at dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481 (figures) and https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 (python notebook).

细胞外基质 (ECM) 是组织特异性生物分子的高度动态、组织良好的无细胞网络，可分为结构或核心 ECM 蛋白和 ECM 相关蛋白。ECM 作为器官发育和功能的蓝图，当通过突变、改变表达或降解而发生结构改变时，可能导致衰弱综合征，这些综合征通常对一个组织的影响大于另一个组织。交叉引用 FANTOM5 SSTAR（样本、转录起始和调节器的语义目录）和核心基质体 ECM（糖）蛋白的定义目录，我们对 511 个不同的人类样本进行了综合分析，以注释个体的上下文特定转录定义的矩阵体的组成部分。从 FANTOM5 在线数据库下载相对对数表达标准化的 SSTAR cap 分析基因表达峰值数据文件并过滤以排除所有细胞系和患病组织。启动子水平的表达值进一步分为八个核心组织系统和三个主要的 ECM 类别：蛋白聚糖、糖蛋白和胶原蛋白。进行分层聚类和相关分析以确定启动子驱动的基因表达活动中的复杂关系。核心基质体和精选的 FANTOM5 SSTAR 数据的整合创建了一个独特的工具，可以以组织和细胞特异性方式深入了解 ECM 编码基因的启动子水平表达。帽分析基因表达峰值数据的无偏聚类揭示了定义的组织系统内独特的 ECM 特征。组织系统之间的相关性分析揭示了具有不同显着性水平的 ECM 启动子的正相关和负相关。该工具可用于提供对 ECM 成分和组织之间关系的新见解，并可以为未来关于 ECM 在人类疾病和发育中的研究提供信息。我们邀请矩阵生物学界继续探索和讨论这个数据集，作为关于人类 ECM 的更大和持续对话的一部分。可以在 matrixpromoterome.github.io 找到一个交互式网络工具，以及可以在 dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481（图）和 https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 找到的其他资源（蟒蛇笔记本）。该工具可用于提供对 ECM 成分和组织之间关系的新见解，并可以为未来关于 ECM 在人类疾病和发育中的研究提供信息。我们邀请矩阵生物学界继续探索和讨论这个数据集，作为关于人类 ECM 的更大和持续对话的一部分。可以在 matrixpromoterome.github.io 找到一个交互式网络工具，以及可以在 dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481（图）和 https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 找到的其他资源（蟒蛇笔记本）。该工具可用于提供对 ECM 成分和组织之间关系的新见解，并可以为未来关于 ECM 在人类疾病和发育中的研究提供信息。我们邀请矩阵生物学界继续探索和讨论这个数据集，作为关于人类 ECM 的更大和持续对话的一部分。可以在 matrixpromoterome.github.io 找到一个交互式网络工具，以及可以在 dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481（图）和 https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 找到的其他资源（蟒蛇笔记本）。我们邀请矩阵生物学界继续探索和讨论这个数据集，作为关于人类 ECM 的更大和持续对话的一部分。可以在 matrixpromoterome.github.io 找到一个交互式网络工具，以及可以在 dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481（图）和 https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 找到的其他资源（蟒蛇笔记本）。我们邀请矩阵生物学界继续探索和讨论这个数据集，作为关于人类 ECM 的更大和持续对话的一部分。可以在 matrixpromoterome.github.io 找到一个交互式网络工具，以及可以在 dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.19794481（图）和 https://figshare.com/s/e18ecbc3ae5aaf919b78 找到的其他资源（蟒蛇笔记本）。