INTRODUCTION Mitosis-karyorrhexis index (MKI) is important for risk stratification workup of neuroblastic tumors. MKI is calculated by estimating the denominator (5000 tumor cells). We hypothesized that whole slide image (WSI) with appropriate digital image analytical software could provide an objective aid to pathologist's MKI workup. MATERIALS & METHODS With IRB approval, sixteen cases of neuroblastic tumors as convenient cases were used. H&E slides were scanned at 40X using an Aperio Scanscope AT2 scanner and stored in SVS format. Digital photos were also taken and stored in TIFF format. Qupath, an open source image analytical software, was used to annotate, define region of interest (ROI) and automatically count the cells within ROI. RESULTS With selected parameters, Qupath was able to provide cell count using both WSI (.svs) and digital images (.TIFF). Comparison of automated count and eyeball manual count generated precision above .96, recall above .96, F1 scores above .98, with false positive rate ranging from .6 to 3.7%, and false negative rate from .6 to 3.8%. Compared to original pathological report, automated tumor cell count led to lower MKI in 3 of 16 cases (18.8%) and change of "unfavorable histology" to "favorable" in one case (1/16, 6.3%). CONCLUSION Combination of WSI (or digital images) with Qupath is able to provide an automated, objective and consistent way for cell count to facilitate pathologist's MKI determination in neuroblastic tumors' workup and research.

中文翻译：

---

使用全幻灯片图像和图像分析软件 Qupath 进行神经母细胞瘤有丝分裂-核破裂指数测定的自动肿瘤计数。

引言 有丝分裂-核破裂指数 (MKI) 对于神经母细胞肿瘤的风险分层检查很重要。通过估计分母（5000 个肿瘤细胞）计算 MKI。我们假设带有适当数字图像分析软件的整个幻灯片图像 (WSI) 可以为病理学家的 MKI 检查提供客观帮助。材料与方法 经 IRB 批准，使用了 16 例神经母细胞肿瘤作为方便病例。使用 Aperio Scanscope AT2 扫描仪以 40X 扫描 H&E 载玻片并以 SVS 格式存储。还拍摄了数码照片并以 TIFF 格式存储。Qupath 是一种开源图像分析软件，用于注释、定义感兴趣区域 (ROI) 并自动计数 ROI 内的细胞。结果 通过选定的参数，Qupath 能够同时使用 WSI (. svs) 和数字图像 (.TIFF)。自动计数和眼球手动计数的比较产生了高于 0.96 的精度，高于 0.96 的召回率，高于 0.98 的 F1 分数，假阳性率从 0.6% 到 3.7%，假阴性率从 0.6% 到 3.8%。与原始病理报告相比，自动肿瘤细胞计数导致 16 例中有 3 例（18.8%）的 MKI 降低，1 例（1/16，6.3%）从“组织学不良”变为“良好”。结论 WSI（或数字图像）与 Qupath 的结合能够为细胞计数提供一种自动化、客观和一致的方法，以促进病理学家在神经母细胞肿瘤的检查和研究中确定 MKI。假阳性率从 0.6% 到 3.7%，假阴性率从 0.6% 到 3.8%。与原始病理报告相比，自动肿瘤细胞计数导致 16 例中有 3 例（18.8%）的 MKI 降低，1 例（1/16，6.3%）从“组织学不良”变为“良好”。结论 WSI（或数字图像）与 Qupath 的结合能够为细胞计数提供一种自动化、客观和一致的方法，以促进病理学家在神经母细胞肿瘤的检查和研究中确定 MKI。假阳性率从 0.6% 到 3.7%，假阴性率从 0.6% 到 3.8%。与原始病理报告相比，自动肿瘤细胞计数导致 16 例中有 3 例（18.8%）的 MKI 降低，1 例（1/16，6.3%）从“组织学不良”变为“良好”。结论 WSI（或数字图像）与 Qupath 的结合能够为细胞计数提供一种自动化、客观和一致的方法，以促进病理学家在神经母细胞肿瘤的检查和研究中确定 MKI。