Capture-based library preparation for next generation sequencing (NGS) offers a balance between sequencing depth and bioinformatics cost of analysis. Liquid handling automation enhances the reliability of the library preparation process by reducing sample-to-sample variation and substantially enhances throughput, particularly when it can be employed in a 'walk-away' fashion with limited hands-on interaction. This requires complex series of mixing and heating steps like those utilized in capture chemistries to happen on the liquid handler. While developing liquid handling automation for Integrated DNA Technologies (IDT) xGen Exome, Illumina TruSight Oncology 500, and Personal Genome Diagnostics (PGDx) elio Plasma Resolve chemistries on the PerkinElmer Sciclone liquid handler, we found that applying the capture temperatures recommended for manual library preparation results in low yield on automation. To restore the final library yield, we reduced bead binding and/or heated wash temperatures of the Peltier heaters on the liquid handlers by about 10°C. Since this applied across three unique capture-based chemistries, we consider this a generalizable principle of automating capture on the Sciclone. We hypothesize that this is driven by the very different thermodynamic environments represented by a sealed plate on a thermal cycler and a plate with a lid on a Peltier heater. This phenomenon should be considered when automating NGS library preparation on PerkinElmer Sciclone instruments.

用于下一代测序 (NGS) 的基于捕获的文库制备提供了测序深度和生物信息学分析成本之间的平衡。液体处理自动化通过减少样品间的差异来提高文库制备过程的可靠性，并显着提高通量，特别是当它可以以“无人值守”的方式使用时，手动交互有限。这需要在液体处理器上进行一系列复杂的混合和加热步骤，例如在捕获化学中使用的那些步骤。在 PerkinElmer Sciclone 液体处理器上为 Integrated DNA Technologies (IDT) xGen Exome、Illumina TruSight Oncology 500 和 Personal Genome Diagnostics (PGDx) elio Plasma Resolve 化学试剂开发液体处理自动化时，我们发现，应用推荐用于手动文库制备的捕获温度会导致自动化产量低。为了恢复最终的文库产量，我们将液体处理器上的 Peltier 加热器的珠结合和/或加热洗涤温度降低了约 10°C。由于这适用于三种独特的基于捕获的化学物质，我们认为这是在 Sciclone 上自动捕获的通用原则。我们假设这是由热循环仪上的密封板和 Peltier 加热器上的带盖板所代表的非常不同的热力学环境驱动的。在 PerkinElmer Sciclone 仪器上自动制备 NGS 文库时应考虑这种现象。我们将液体处理器上 Peltier 加热器的珠粒结合和/或加热洗涤温度降低了约 10°C。由于这适用于三种独特的基于捕获的化学物质，我们认为这是在 Sciclone 上自动捕获的通用原则。我们假设这是由热循环仪上的密封板和 Peltier 加热器上的带盖板所代表的非常不同的热力学环境驱动的。在 PerkinElmer Sciclone 仪器上自动制备 NGS 文库时应考虑这种现象。我们将液体处理器上 Peltier 加热器的珠粒结合和/或加热洗涤温度降低了约 10°C。由于这适用于三种独特的基于捕获的化学物质，我们认为这是在 Sciclone 上自动捕获的通用原则。我们假设这是由热循环仪上的密封板和 Peltier 加热器上的带盖板所代表的非常不同的热力学环境驱动的。在 PerkinElmer Sciclone 仪器上自动制备 NGS 文库时应考虑这种现象。我们假设这是由热循环仪上的密封板和 Peltier 加热器上的带盖板所代表的非常不同的热力学环境驱动的。在 PerkinElmer Sciclone 仪器上自动制备 NGS 文库时应考虑这种现象。我们假设这是由热循环仪上的密封板和 Peltier 加热器上的带盖板所代表的非常不同的热力学环境驱动的。在 PerkinElmer Sciclone 仪器上自动制备 NGS 文库时应考虑这种现象。