Ovarian granulosa cell tumor (OGCT) is a rare ovarian tumor that accounts for about 2-5% of all ovarian tumors. Despite the low grade of ovarian tumors, high and late recurrences are common in OGCT patients. Even though this tumor usually occurs in adult women with high estrogen levels, the cause of OGCT is still unknown. To screen genetic variants associated with OGCT, we collected normal and matched-tumor formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) from 11 OGCT patients and performed whole-exome sequencing (WES) using Illumina NovaSeq 6000. A total of 1,067,219 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 162,155 insertions/deletions (indels) were identified from 11 pairs of samples. Of these, we identified 44 tumor-specific SNPs in 22 genes and four tumor-specific indels in one gene that were common to 11 patients. We used three cancer databases (TCGA, COSMIC, and ICGC) to investigate genes associated with ovarian cancers. Nine genes (SEC22B, FEZ2, ANKRD36B, GYPA, MUC3A, PRSS3, NUTM2A, OR8U1, and KRTAP10-6) associated with ovarian cancers were found in all three databases. In addition, we identified seven rare variants with MAF ≤ 0.05 in two genes (PRSS3 and MUC3A). Of seven rare variants, five variants in MUC3A are potentially pathogenic. Furthermore, we conducted gene enrichment analysis of tumor-specific 417 genes in SNPs and 106 genes in indels using cytoscape and metascape. In GO analysis, these genes were highly enriched in "selective autophagy", and "regulation of anoikis". Taken together, we suggest that MUC3A is implicated in OGCT development, and MUC3A could be used as a potential biomarker for OGCT diagnosis.

中文翻译：

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全外显子组测序揭示了卵巢颗粒细胞瘤的罕见遗传变异。

卵巢颗粒细胞瘤（OGCT）是一种罕见的卵巢肿瘤，约占所有卵巢肿瘤的2-5%。尽管卵巢肿瘤的级别较低，但 OGCT 患者的高复发率和晚期复发率很常见。尽管这种肿瘤通常发生在雌激素水平高的成年女性身上，但 OGCT 的原因仍然未知。为了筛选与 OGCT 相关的遗传变异，我们从 11 名 OGCT 患者中收集了正常和匹配的肿瘤福尔马林固定石蜡包埋（FFPE），并使用 Illumina NovaSeq 6000 进行了全外显子组测序（WES）。总共 1,067,219 个单核苷酸多态性（ SNPs) 和 162,155 个插入/缺失 (indels) 从 11 对样品中鉴定出来。其中，我们在 22 个基因中鉴定了 44 个肿瘤特异性 SNP，在一个基因中鉴定了 4 个肿瘤特异性插入缺失，这对 11 名患者来说是常见的。我们使用三个癌症数据库（TCGA、COSMIC 和 ICGC）来研究与卵巢癌相关的基因。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的九个基因（SEC22B、FEZ2、ANKRD36B、GYPA、MUC3A、PRSS3、NUTM2A、OR8U1 和 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。和 ICGC) 研究与卵巢癌相关的基因。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的九个基因（SEC22B、FEZ2、ANKRD36B、GYPA、MUC3A、PRSS3、NUTM2A、OR8U1 和 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。和 ICGC) 研究与卵巢癌相关的基因。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的九个基因（SEC22B、FEZ2、ANKRD36B、GYPA、MUC3A、PRSS3、NUTM2A、OR8U1 和 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的九个基因（SEC22B、FEZ2、ANKRD36B、GYPA、MUC3A、PRSS3、NUTM2A、OR8U1 和 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的九个基因（SEC22B、FEZ2、ANKRD36B、GYPA、MUC3A、PRSS3、NUTM2A、OR8U1 和 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。在所有三个数据库中都发现了与卵巢癌相关的 KRTAP10-6）。此外，我们在两个基因（PRSS3 和 MUC3A）中鉴定了 7 个 MAF ≤ 0.05 的罕见变体。在七种罕见变异中，MUC3A 中的五种变异具有潜在致病性。此外，我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。我们使用 cytoscape 和 metascape 对 SNP 中的 417 个肿瘤特异性基因和 indels 中的 106 个基因进行了基因富集分析。在 GO 分析中，这些基因在“选择性自噬”和“失巢凋亡的调节”中高度富集。总之，我们认为 MUC3A 与 OGCT 发展有关，MUC3A 可用作 OGCT 诊断的潜在生物标志物。