As an important post-translational modification, ubiquitination mediates ∼80% of protein degradation in eukaryotes. The degree of protein ubiquitination is tightly determined by the delicate balance between specific ubiquitin ligase (E3)-mediated ubiquitination and deubiquitinase-mediated deubiquitination. In 2017, we developed UbiBrowser 1.0, which is an integrated database for predicted human proteome-wide E3–substrate interactions. Here, to meet the urgent requirement of proteome-wide E3/deubiquitinase–substrate interactions (ESIs/DSIs) in multiple organisms, we updated UbiBrowser to version 2.0 (http://ubibrowser.ncpsb.org.cn). Using an improved protocol, we collected 4068/967 known ESIs/DSIs by manual curation, and we predicted about 2.2 million highly confident ESIs/DSIs in 39 organisms, with >210-fold increase in total data volume. In addition, we made several new features in the updated version: (i) it allows exploring proteins’ upstream E3 ligases and deubiquitinases simultaneously; (ii) it has significantly increased species coverage; (iii) it presents a uniform confidence scoring system to rank predicted ESIs/DSIs. To facilitate the usage of UbiBrowser 2.0, we also redesigned the web interface for exploring these known and predicted ESIs/DSIs, and added functions of ‘Browse’, ‘Download’ and ‘Application Programming Interface’. We believe that UbiBrowser 2.0, as a discovery tool, will contribute to the study of protein ubiquitination and the development of drug targets for complex diseases.

中文翻译：

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UbiBrowser 2.0：蛋白质组范围内已知和预测的泛素连接酶/去泛素酶-真核物种中底物相互作用的综合资源

作为一种重要的翻译后修饰，泛素化介导了真核生物中约 80% 的蛋白质降解。蛋白质泛素化的程度由特定泛素连接酶 (E3) 介导的泛素化和去泛素酶介导的去泛素化之间的微妙平衡密切决定。2017 年，我们开发了 UbiBrowser 1.0，这是一个用于预测人类蛋白质组范围 E3-底物相互作用的集成数据库。在这里，为了满足多种生物体中蛋白质组范围内的 E3/去泛素酶-底物相互作用 (ESIs/DSI) 的迫切需求，我们将 UbiBrowser 更新到了 2.0 版 (http://ubibrowser.ncpsb.org.cn)。使用改进的协议，我们通过手动管理收集了 4068/967 个已知的 ESI/DSI，我们预测 39 个生物体中约有 220 万个高度可信的 ESI/DSI，总数据量增加了 210 倍以上。此外，我们在更新版本中增加了几个新功能：（i）它允许同时探索蛋白质的上游 E3 连接酶和去泛素酶；(ii) 物种覆盖率显着增加；(iii) 它提出了一个统一的置信度评分系统来对预测的 ESI/DSI 进行排名。为了方便 UbiBrowser 2.0 的使用，我们还重新设计了用于探索这些已知和预测的 ESI/DSI 的 Web 界面，并添加了“浏览”、“下载”和“应用程序编程接口”功能。我们相信UbiBrowser 2.0作为一种发现工具，将有助于蛋白质泛素化研究和复杂疾病药物靶点的开发。(ii) 物种覆盖率显着增加；(iii) 它提出了一个统一的置信度评分系统来对预测的 ESI/DSI 进行排名。为了方便 UbiBrowser 2.0 的使用，我们还重新设计了用于探索这些已知和预测的 ESI/DSI 的 Web 界面，并添加了“浏览”、“下载”和“应用程序编程接口”功能。我们相信UbiBrowser 2.0作为一种发现工具，将有助于蛋白质泛素化研究和复杂疾病药物靶点的开发。(ii) 物种覆盖率显着增加；(iii) 它提出了一个统一的置信度评分系统来对预测的 ESI/DSI 进行排名。为了方便 UbiBrowser 2.0 的使用，我们还重新设计了用于探索这些已知和预测的 ESI/DSI 的 Web 界面，并添加了“浏览”、“下载”和“应用程序编程接口”功能。我们相信UbiBrowser 2.0作为一种发现工具，将有助于蛋白质泛素化研究和复杂疾病药物靶点的开发。