Most clinical related proteomic studies were aimed to screen potential biomarkers for clinical usage. However, it is known that only a few candidates can be validated in later stages. Besides clinical biomarkers, it is also necessary to identify key proteins to better understand the molecular mechanism of human diseases. Here, we updated the connotations of precision and translational proteomics and proposed a refined research framework for clinical proteomics. We abstracted the framework as a three-tier system: to determine research objectives and approaches for achieving a certain purpose, to choose the appropriate methods for optimal results, and to apply a standardized experimental procedure for reliable and reproducible results. Started from the initial discovery stage, we divided the following proteomics-driven translational studies into two directions: biomarker screening and mechanism investigation. We also discussed possible causes that may lead to high rates of experimental variation and low rates of follow-up validation. Moreover, we pointed out that the main bottlenecks for the identification of effective targets are data interpretation and statistical inference. Finally, we emphasized that the transparency of experimental design and results can help to ensure data quality. Conclusively, the refined framework provides constructive recommendations and comprehensive guides for designing and performing clinical related proteomic studies with the aim of obtaining reliable and reproducible results. It can also help to further promote the standardization and integration of proteomic studies.

大多数临床相关的蛋白质组学研究旨在筛选临床使用的潜在生物标志物。但是，众所周知，只有少数候选者可以在后期阶段进行验证。除了临床生物标志物，还需要识别关键蛋白质，以更好地了解人类疾病的分子机制。在这里，我们更新了精密蛋白质组学和转化蛋白质组学的内涵，并提出了一个完善的临床蛋白质组学研究框架。我们将该框架抽象为一个三层系统：确定实现某个目的的研究目标和方法，选择合适的方法以获得最佳结果，并应用标准化的实验程序以获得可靠和可重复的结果。从最初的发现阶段开始，我们将以下蛋白质组学驱动的转化研究分为两个方向：生物标志物筛选和机制研究。我们还讨论了可能导致实验变异率高和后续验证率低的可能原因。此外，我们指出识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。生物标志物筛选和机制研究。我们还讨论了可能导致实验变异率高和后续验证率低的可能原因。此外，我们指出识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。生物标志物筛选和机制研究。我们还讨论了可能导致实验变异率高和后续验证率低的可能原因。此外，我们指出识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。我们还讨论了可能导致实验变异率高和后续验证率低的可能原因。此外，我们指出识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。我们还讨论了可能导致实验变异率高和后续验证率低的可能原因。此外，我们指出识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。我们指出，识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。我们指出，识别有效目标的主要瓶颈是数据解释和统计推断。最后，我们强调实验设计和结果的透明度有助于确保数据质量。最后，完善的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性的建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。改进后的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。改进后的框架为设计和执行临床相关蛋白质组学研究提供了建设性建议和综合指南，目的是获得可靠和可重复的结果。它还有助于进一步促进蛋白质组学研究的标准化和整合。