Alternative polyadenylation (APA) has been widely recognized as a crucial step during the post-transcriptional regulation of eukaryotic genes. Recent studies have demonstrated that APA exerts key regulatory roles in many biological processes and often occurs in a tissue- and cell-type-specific manner. However, to our knowledge, there is no database incorporating information about APA at the cell-type level. Single-cell RNA-seq is a rapidly evolving and powerful tool that enable APA analysis at the cell-type level. Here, we present a comprehensive resource, scAPAatlas (http://www.bioailab.com:3838/scAPAatlas), for exploring APA across different cell types, and interpreting potential biological functions. Based on the curated scRNA-seq data from 24 human and 25 mouse normal tissues, we systematically identified cell-type-specific APA events for different cell types and examined the correlations between APA and gene expression level. We also estimated the crosstalk between cell-type-specific APA events and microRNAs or RNA-binding proteins. A user-friendly web interface has been constructed to support browsing, searching and visualizing multi-layer information of cell-type-specific APA events. Overall, scAPAatlas, incorporating a rich resource for exploration of APA at the cell-type level, will greatly help researchers chart cell type with APA and elucidate the biological functions of APA.

中文翻译：

---

scAPAatlas：人类和小鼠细胞类型的替代多聚腺苷酸化图谱

替代多聚腺苷酸化 (APA) 已被广泛认为是真核基因转录后调控过程中的关键步骤。最近的研究表明，APA 在许多生物过程中发挥关键的调节作用，并且通常以组织和细胞类型特异性的方式发生。然而，据我们所知，没有包含细胞类型级别 APA 信息的数据库。单细胞 RNA-seq 是一种快速发展且功能强大的工具，可在细胞类型水平上进行 APA 分析。在这里，我们提供了一个综合资源 scAPAatlas (http://www.bioailab.com:3838/scAPAatlas)，用于探索不同细胞类型的 APA，并解释潜在的生物学功能。基于来自 24 个人类和 25 个小鼠正常组织的精选 scRNA-seq 数据，我们系统地确定了不同细胞类型的细胞类型特异性 APA 事件，并检查了 APA 与基因表达水平之间的相关性。我们还估计了细胞类型特异性 APA 事件与 microRNA 或 RNA 结合蛋白之间的串扰。已经构建了一个用户友好的 Web 界面，以支持浏览、搜索和可视化细胞类型特定 APA 事件的多层信息。总体而言，scAPAatlas 结合了丰富的 APA 在细胞类型水平上的探索资源，将极大地帮助研究人员用 APA 绘制细胞类型并阐明 APA 的生物学功能。已经构建了一个用户友好的 Web 界面，以支持浏览、搜索和可视化细胞类型特定 APA 事件的多层信息。总体而言，scAPAatlas 结合了丰富的 APA 在细胞类型水平上的探索资源，将极大地帮助研究人员用 APA 绘制细胞类型并阐明 APA 的生物学功能。已经构建了一个用户友好的 Web 界面，以支持浏览、搜索和可视化细胞类型特定 APA 事件的多层信息。总体而言，scAPAatlas 结合了丰富的 APA 在细胞类型水平上的探索资源，将极大地帮助研究人员用 APA 绘制细胞类型并阐明 APA 的生物学功能。