We present a user-friendly front-end for running molecular dynamics (MD) simulations using the OpenMM toolkit on the Google Colab framework. Our goals are (1) to highlight the usage of a cloud-computing scheme for educational purposes for a hands-on approach when learning MD simulations and (2) to exemplify how low-income research groups can perform MD simulations in the microsecond time scale. We hope this work facilitates teaching and learning of molecular simulation throughout the community.

中文翻译：

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下雨：适合所有人的基于云的分子模拟

我们提供了一个用户友好的前端，用于使用 Google Colab 框架上的 OpenMM 工具包运行分子动力学 (MD) 模拟。我们的目标是 (1) 强调在学习 MD 模拟时将云计算方案用于教育目的，以便动手实践；(2) 举例说明低收入研究小组如何在微秒时间尺度上执行 MD 模拟. 我们希望这项工作能够促进整个社区分子模拟的教学和学习。