Coronavirus disease 2019 (COVID-19), caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is associated with fatal pulmonary fibrosis. Small interfering RNAs (siRNAs) can be developed to induce RNA interference against SARS-CoV-2, and their susceptible target sites can be inferred by Argonaute crosslinking immunoprecipitation sequencing (AGO CLIP). Here, by reanalysing AGO CLIP data in RNA viruses, we delineated putative AGO binding in the conserved non-structural protein 12 (nsp12) region encoding RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) in SARS-CoV-2. We utilised the inferred AGO binding to optimise the local RNA folding parameter to calculate target accessibility and predict all potent siRNA target sites in the SARS-CoV-2 genome, avoiding sequence variants. siRNAs loaded onto AGO also repressed seed (positions 2–8)-matched transcripts by acting as microRNAs (miRNAs). To utilise this, we further screened 13 potential siRNAs whose seed sequences were matched to known antifibrotic miRNAs and confirmed their miRNA-like activity. A miR-27-mimicking siRNA designed to target the nsp12 region (27/RdRP) was validated to silence a synthesised nsp12 RNA mimic in lung cell lines and function as an antifibrotic miR-27 in regulating target transcriptomes related to TGF-β signalling. siRNA sequences with an antifibrotic miRNA-like activity that could synergistically treat COVID-19 are available online (http://clip.korea.ac.kr/covid19).

由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 与致命的肺纤维化有关。可以开发小干扰 RNA (siRNA) 来诱导针对 SARS-CoV-2 的 RNA 干扰，并且可以通过 Argonaute 交联免疫沉淀测序 (AGO CLIP) 推断其易感靶位点。在这里，通过重新分析 RNA 病毒中的 AGO CLIP 数据，我们描绘了 SARS-CoV-2 中编码 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRP) 的保守非结构蛋白 12 (nsp12) 区域中假定的 AGO 结合。我们利用推断的 AGO 结合来优化局部 RNA 折叠参数，以计算目标可访问性并预测 SARS-CoV-2 基因组中所有有效的 siRNA 目标位点，避免序列变异。加载到 AGO 上的 siRNA 还通过充当 microRNA (miRNA) 来抑制种子（位置 2-8）匹配的转录本。为了利用这一点，我们进一步筛选了 13 种潜在的 siRNA，其种子序列与已知的抗纤维化 miRNA 相匹配，并证实了它们的 miRNA 样活性。设计用于靶向 nsp12 区域 (27/RdRP) 的 miR-27 模拟 siRNA 经验证可在肺细胞系中沉默合成的 nsp12 RNA 模拟物，并在调节与 TGF-β 信号传导相关的目标转录组中作为抗纤维化 miR-27 起作用。具有抗纤维化 miRNA 样活性的 siRNA 序列可以协同治疗 COVID-19，可在线获得（http://clip.korea.ac.kr/covid19）。我们进一步筛选了 13 种潜在的 siRNA，其种子序列与已知的抗纤维化 miRNA 相匹配，并证实了它们的 miRNA 样活性。设计用于靶向 nsp12 区域 (27/RdRP) 的 miR-27 模拟 siRNA 经验证可在肺细胞系中沉默合成的 nsp12 RNA 模拟物，并在调节与 TGF-β 信号传导相关的目标转录组中作为抗纤维化 miR-27 起作用。具有抗纤维化 miRNA 样活性的 siRNA 序列可以协同治疗 COVID-19，可在线获得（http://clip.korea.ac.kr/covid19）。我们进一步筛选了 13 种潜在的 siRNA，其种子序列与已知的抗纤维化 miRNA 相匹配，并证实了它们的 miRNA 样活性。设计用于靶向 nsp12 区域 (27/RdRP) 的 miR-27 模拟 siRNA 经验证可在肺细胞系中沉默合成的 nsp12 RNA 模拟物，并在调节与 TGF-β 信号传导相关的目标转录组中作为抗纤维化 miR-27 起作用。具有抗纤维化 miRNA 样活性的 siRNA 序列可以协同治疗 COVID-19，可在线获得（http://clip.korea.ac.kr/covid19）。