Advances in proteomics have enabled a comprehensive understanding of host–pathogen interactions. Here we have characterized Japanese encephalitis virus (JEV) infection-driven changes in the mouse embryonic fibroblast (MEF) proteome. Through tandem mass tagging (TMT)-based mass spectrometry, we describe changes in 7.85 % of the identified proteome due to JEV infection. Pathway enrichment analysis showed that proteins involved in innate immune sensing, interferon responses and inflammation were the major upregulated group, along with the immunoproteasome and poly ADP-ribosylation proteins. Functional validation of several upregulated anti-viral innate immune proteins, including an active cGAS–STING axis, was performed. Through siRNA depletion, we describe a crucial role of the DNA sensor cGAS in restricting JEV replication. Further, many interferon-stimulated genes (ISGs) were observed to be induced in infected cells. We also observed activation of TLR2 and inhibition of TLR2 signalling using TLR1/2 inhibitor CU-CPT22-blocked production of inflammatory cytokines IL6 and TNF-α from virus-infected N9 microglial cells. The major proteins that were downregulated by infection were involved in cell adhesion (collagens), transport (solute carrier and ATP-binding cassette transporters), sterol and lipid biosynthesis. Several collagens were found to be transcriptionally downregulated in infected MEFs and mouse brain. Collectively, our data provide a bird’s-eye view into how fibroblast protein composition is rewired following JEV infection.

中文翻译：

---

日本脑炎病毒感染的成纤维细胞的蛋白质组学景观

蛋白质组学的进步使人们能够全面了解宿主-病原体的相互作用。在这里，我们表征了小鼠胚胎成纤维细胞 (MEF) 蛋白质组中日本脑炎病毒 (JEV) 感染驱动的变化。通过基于串联质量标记 (TMT) 的质谱法，我们描述了 7.85% 的已鉴定蛋白质组因 JEV 感染而发生的变化。通路富集分析表明，参与先天免疫感应、干扰素反应和炎症的蛋白质是主要的上调组，还有免疫蛋白酶体和聚 ADP 核糖基化蛋白。对几种上调的抗病毒先天免疫蛋白（包括活性 cGAS-STING 轴）进行了功能验证。通过 siRNA 消耗，我们描述了 DNA 传感器 cGAS 在限制 JEV 复制中的关键作用。更远，观察到许多干扰素刺激基因 (ISG) 在感染细胞中被诱导。我们还观察到 TLR2 的激活和 TLR2 信号的抑制，使用 TLR1/2 抑制剂 CU-CPT22 阻断了来自病毒感染的 N9 小胶质细胞的炎性细胞因子 IL6 和 TNF-α 的产生。受感染下调的主要蛋白质参与细胞粘附（胶原蛋白）、运输（溶质载体和 ATP 结合盒转运蛋白）、甾醇和脂质生物合成。发现几种胶原蛋白在受感染的 MEF 和小鼠大脑中被转录下调。总的来说，我们的数据提供了对 JEV 感染后成纤维细胞蛋白组成如何重新布线的鸟瞰图。我们还观察到 TLR2 的激活和 TLR2 信号的抑制，使用 TLR1/2 抑制剂 CU-CPT22 阻断了来自病毒感染的 N9 小胶质细胞的炎性细胞因子 IL6 和 TNF-α 的产生。受感染下调的主要蛋白质参与细胞粘附（胶原蛋白）、运输（溶质载体和 ATP 结合盒转运蛋白）、甾醇和脂质生物合成。发现几种胶原蛋白在受感染的 MEF 和小鼠大脑中被转录下调。总的来说，我们的数据提供了对 JEV 感染后成纤维细胞蛋白组成如何重新布线的鸟瞰图。我们还观察到 TLR2 的激活和 TLR2 信号的抑制，使用 TLR1/2 抑制剂 CU-CPT22 阻断了来自病毒感染的 N9 小胶质细胞的炎性细胞因子 IL6 和 TNF-α 的产生。受感染下调的主要蛋白质参与细胞粘附（胶原蛋白）、运输（溶质载体和 ATP 结合盒转运蛋白）、甾醇和脂质生物合成。发现几种胶原蛋白在受感染的 MEF 和小鼠大脑中被转录下调。总的来说，我们的数据提供了对 JEV 感染后成纤维细胞蛋白组成如何重新布线的鸟瞰图。转运（溶质载体和 ATP 结合盒转运蛋白）、甾醇和脂质生物合成。发现几种胶原蛋白在受感染的 MEF 和小鼠大脑中被转录下调。总的来说，我们的数据提供了对 JEV 感染后成纤维细胞蛋白组成如何重新布线的鸟瞰图。转运（溶质载体和 ATP 结合盒转运蛋白）、甾醇和脂质生物合成。发现几种胶原蛋白在受感染的 MEF 和小鼠大脑中被转录下调。总的来说，我们的数据提供了对 JEV 感染后成纤维细胞蛋白组成如何重新布线的鸟瞰图。