Motivation Accurately identifying protein–ATP binding poses is significantly valuable for both basic structure biology and drug discovery. Although many docking methods have been designed, most of them require a user-defined binding site and are difficult to achieve a high-quality protein–ATP docking result. It is critical to develop a protein–ATP-specific blind docking method without user-defined binding sites. Results Here, we present ATPdock, a template-based method for docking ATP into protein. For each query protein, if no pocket site is given, ATPdock first identifies its most potential pocket using ATPbind, an ATP-binding site predictor; then, the template pocket, which is most similar to the given or identified pocket, is searched from the database of pocket–ligand structures using APoc, a pocket structural alignment tool; thirdly, the rough docking pose of ATP (rdATP) is generated using LS-align, a ligand structural alignment tool, to align the initial ATP pose to the template ligand corresponding to template pocket; finally, the Metropolis Monte Carlo simulation is used to fine-tune the rdATP under the guidance of AutoDock Vina energy function. Benchmark tests show that ATPdock significantly outperforms other state-of-the-art methods in docking accuracy. Availability and implementation https://jun-csbio.github.io/atpdock/. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

中文翻译：

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ATPdock：一种基于模板的 ATP 特异性蛋白质-配体对接方法

动机准确识别蛋白质-ATP 结合姿势对于基础结构生物学和药物发现都具有重要意义。尽管设计了多种对接方法，但大多数方法都需要用户自定义结合位点，难以获得高质量的蛋白质-ATP 对接结果。开发一种没有用户定义的结合位点的蛋白质-ATP 特异性盲对接方法至关重要。结果在这里，我们介绍了 ATPdock，这是一种基于模板的方法，用于将 ATP 对接到蛋白质中。对于每个查询蛋白质，如果没有给出口袋位点，ATPdock 首先使用 ATP 结合位点预测器 ATPbind 识别其最有潜力的口袋；然后，使用口袋结构对齐工具 APoc 从口袋-配体结构数据库中搜索与给定或识别的口袋最相似的模板口袋；第三，使用配体结构对齐工具LS-align生成ATP（rdATP）的粗对接姿势，将初始ATP姿势与模板口袋对应的模板配体对齐；最后，在AutoDock Vina能量函数的指导下，使用Metropolis Monte Carlo模拟对rdATP进行微调。基准测试表明，ATPdock 在对接精度方面明显优于其他最先进的方法。可用性和实施​​ https://jun-csbio.github.io/atpdock/。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。Metropolis Monte Carlo 模拟用于在 AutoDock Vina 能量函数的指导下微调 rdATP。基准测试表明，ATPdock 在对接精度方面明显优于其他最先进的方法。可用性和实施​​ https://jun-csbio.github.io/atpdock/。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。Metropolis Monte Carlo 模拟用于在 AutoDock Vina 能量函数的指导下微调 rdATP。基准测试表明，ATPdock 在对接精度方面明显优于其他最先进的方法。可用性和实施​​ https://jun-csbio.github.io/atpdock/。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。